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[NGS scATACseq] scATACseq, Cicero를 이용해서 cis-regulatory gene network 분석하기

Cicero Cicero single-cell chromatin accessibility data 를 이용 → co-accessibility examine → cis-regulatory network를 구성하고 분석하기 위한 툴이다. 나는 scATACseq을 분석하기 위해 해당 툴을 이용했다. How? chromatin accessibility data → physically proximity 한 regions of genome 구하기→ 추정되는 enhancer-promoter pair 찾기 → cis-regulatory network 구성 Step 0. Create an input CDS Cicero는 CDS (cell_data_set) class object 를 이용한다. 10x scATACseq 데..
Bioinformatics/Tools 2022. 12. 28. 04:01
[NGS scRNAseq] cellranger count 의 output 파일, summary.html 해석

Cell Ranger OUTPUT FILES Cell ranger 의 output 은 outs/ 폴더에 저장이 된다. 해당 폴더에는 sequencing data, the annotated read sequences, gene expression matrices 등이 존재한다. 각 파일에 대한 더 자세한 정보 Matrices Web Summary .html Secondary Analysis CSV BAM Molecule Info (h5) Loupe File (.cloupe) Summary.html WEL SUMMARY .html cell ranger 가 제공해주는 summary 와 analysis 를 html 형식으로 확인할 수 있다. 다음 figure에서 볼 수 있듯이, 크게 summary 와 gene ..
Bioinformatics/Tools 2022. 12. 19. 09:44
[NGS scRNAseq] Chromium 10x Illumina의 기본이해(workflow)와 Cell ranger count

해당 포스트는 Illumina (10x) 기술을 이용한 single cell RNAseq 에 초점이 맞춰져 있습니다. Chromium 10x single cell - Barcodes and UMI Paired-end sequencing output 은 주로 5’ → 3’ 방향으로 읽힌 두개의 fastq files 이다. 첫번째 Read 1 (R1) 은 항상 primer 의 Cell barcode + UMI (unique molecular identifiers) 부분을 포함하고 Read 2 (R2)는 reverse sequence를 읽는다(figure 1.3을 참고). Sequencing 으로 얻어낸 reads (containing cell barcode, UMI and cDNA) 를 이용하여, trans..
Bioinformatics/Tools 2022. 12. 18. 16:53
[Bioinformatics] NGS 파일 포맷 - fastq, sam, bam, bed, bigwig,,,

NGS 데이터는 sequencer 에 의해서 생성되는 sequencing 파일 (fastq)를 시작으로 모든 분석이 이루어지면서 특정 성격을 띈다. NGS 세계에서 이용되는 많은 데이터 포맷 중, 가장 기본이 되는 파일들의 형식들을 중점으로 정리해보았다. * sequencers 예시: Illumina HiSeq 2500, Illumina NextSeq 500i, Illumina MiSeq,,, FASTQ : sequencing data with scores SAM : fastq파일을 aligning (mapping) 한 output 파일 (사람이 읽을 수 있는 버전) BAM : SAM 을 binary 한 파일로 사람이 읽을 수는 없지만, 용량을 줄일 수 있다. VCF : (Variant Calling F..
Bioinformatics/NGS 기본지식 2022. 12. 4. 10:00
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