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DBA (Differential Binding sites) visualization Chipseq 이나 Cut&Run, Cut&Tag 기술을 이용해서, target antibody가 붙는 sequence 정보를 얻을 수 있고 어느 지역에 더 많이 붙는지 DBA(differential binding sites analysis) 분석을 할 수 있다. 해당 글에서는 DBA(differential binding analysis) 로 확인된 지역을 Deeptools 의 computeMatrix 와 plotHeapmap을 이용하여 시각화 할 것이다. Step 1. bigWigMerge (ucsc-bigwigmerge v377) multiple bigWigs → A single Bedgraph file bigWigM..

Custom annotation track IGV에서 annotation track을 통해 원하는 유전자 검색으로 해당 위치를 관찰 할 수 있다. 하지만 내가 가지고 있는 데이터가 custom 이여서 유전자 검색이 되지않아서 custom annotation track을 만들어 보았다. How? 보통 “standard’ gene track 은 ncbi refseq 형식이다. 예로, ncbiRefSeq.sorted.txt and ncbiRefSeq.sql (참고 링크와, 그림1,2 참고). Custom genome을 가지고 있다면 annotation track 을 그림2 와 같은 format으로 만들어 줄수 있다. 이는 [1] gtf파일이 있으면 ucsc의 ‘gtfToGenePred’ 로 만들고 [2] co..

DiffBind 를 사용하여 분석하다가, FRiP 스코어가 너무 낮아서 다른 방법을 찾아보았다. Diffbind 에서 계산해주는 FRiP는 consesnsus peak set에 dependent하기 때문에 더 낮은 score을 얻을 수 있다고 한다. FRiP FRiP score 이란 Fraction of Reads in Peaks이다. 말 그대로, 특정 called peaks (region) 에 들어가는 reads의 비율이라고 해석 할 수있다. 이는 usable reads in significantly enriched peaks/total number of mapped reads와 같이 계산된다. 실제 sample의 FRiP 계산해보기 1. 맵핑된 sequencing data (BAM/SAM) 과 cal..

HOMER 을 이용해서 Peak annotation 하는 방법 HOMER v4.11 annotatePeaks.pl > BED 파일 이나 HOMER peak files BED files 는 최소 6개의 칼럼으로 구성되어야 한다고 하지만 column 4 개(chr, start, end, strand) 도 허용한다. Column1: chromosome Column2: starting position Column3: ending position Column4: Unique Peak ID Column5: not used Column6: Strand (+/- or 0/1, where 0="+", 1="-") HOMER peak files (TAB으로 분리되는 txt files 형식) Column1: Unique P..