바이오 대표

해당 글은 "Current best practices in single-cell RNA-seqanalysis: a tutorial" https://www.embopress.org/doi/epdf/10.15252/msb.20188746" 를 요약 정리한 글입니다. 전체 흐름 scRNAseq analysis tools increase → lack of standardization (+ dependency of language) The paper introduces the typical scRNAseq analysis steps as current best-practice recommendations. 처음 분석을 하시는 분들께 어느정도 가이드라인이 되는 페이퍼라고 생각한다. count matrix pre-p..

- PCA - 해당 글에서는 UMAP 관련해서 좀 자세히 다뤄보려 한다. 다음 내용은 StatQuest 을 참조하였다. UMAP 을 이용해서 High dimension 데이터를 low-dimension에 표현할 수 있다. How? 전체적인 그림은, 낮은차원에서 point를 움직여서, high dimention 에서와 비슷한 모습을 보이도록 조정하는 방법이고 이를 Similarity score 을 계산하여 사용한다. 1. High-dimention points 에서 서로간의 distance 를 계산한다. 2. High-dimention neighbor 숫자 (default 15) 에 따라 log2 (#of neighbor) 을 이용하여 curve 를 그리고, 각 포인트의 similarity score 을 ..

Cell Ranger OUTPUT FILES Cell ranger 의 output 은 outs/ 폴더에 저장이 된다. 해당 폴더에는 sequencing data, the annotated read sequences, gene expression matrices 등이 존재한다. 각 파일에 대한 더 자세한 정보 Matrices Web Summary .html Secondary Analysis CSV BAM Molecule Info (h5) Loupe File (.cloupe) Summary.html WEL SUMMARY .html cell ranger 가 제공해주는 summary 와 analysis 를 html 형식으로 확인할 수 있다. 다음 figure에서 볼 수 있듯이, 크게 summary 와 gene ..

해당 포스트는 Illumina (10x) 기술을 이용한 single cell RNAseq 에 초점이 맞춰져 있습니다. Chromium 10x single cell - Barcodes and UMI Paired-end sequencing output 은 주로 5’ → 3’ 방향으로 읽힌 두개의 fastq files 이다. 첫번째 Read 1 (R1) 은 항상 primer 의 Cell barcode + UMI (unique molecular identifiers) 부분을 포함하고 Read 2 (R2)는 reverse sequence를 읽는다(figure 1.3을 참고). Sequencing 으로 얻어낸 reads (containing cell barcode, UMI and cDNA) 를 이용하여, trans..