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CITE-seq 은 single cells 에서의 [1] Transcripts [2] Extracellular proteins 의 quantification 을 동시에 구할 수 있다. 기본 scRNA-seq (single cell RNA-seq) 으로는 알아 낼 수 없는 post-transcriptional gene regulation 이나 cell-surface protein levels 와 같은 phenotypic information을 알수 있다. CITE-seq 데이터를 이용해서 DE Analysis 를 진행해보았다. 가장 대표적인 R Bioconductor package CiteFuse 를 이용하였다. CiteFuse 는 transcript data와 protein data 를 구별하여 다루고 ..

EdgeR 은 RNA counts data로부터 DE (Differential Expression) Analysis 를 진행한다. EdgeR 이 제공하는Functions: DGEList - 데이터를 효율적으로 사용할 수 있도록, List-based data 태로 변환 ([1] counts [2] samples) filterByExpr cacNormFactors estimateDisp ### Covid- 19 Patients vs Healthy Control DE Analysis ### 해당 글에서 다룰 DE (differntial Expression) Analysis 는 4가지의 실험중 RNA-Seq data 를 R bioconductor edgeR 을 이용한 실험이다. 17 명의 Covid-19 pa..

당신이 M1 chip (ARM silicon) 의 소유자라면 추후 몇년간은 Rosetta2 emulator 사용이 가장 편할 것이다. Bioconductor는 아직 Apple M1 chip을 기본적으로 지원하지 못한다. (edgeR이 install 되지 않아 찾은 해결방안) 하지만 Rosetta 를 통해서라면 가능하다. Rosetta는 macOS Big Sur의 emulator로 Mac M1 시스템에서 intel x86_64 앱들을 실행 가능하게 해준다. ## 나는 R-4.1.1.pkg 와 RStudio-2021.09.2-382.dmg을 사용하였다. [1] Rosetta2 Emulator Install $ /usr/sbin/softwareupdate --install-rosetta --agree-to-l..

여러 -omic 데이터를 통합하여 (more data, potential to more power) 우리는 complex biological big data 를 분석할 수 있다. ( Genomics, Transcriptomics, Proteomics, Epigenomics ) * Epigenome: DNA나 히스톤단백질에 직접 결합하여 유전자의 발현을 직접 조절하는 화학물질과 단백질의 집합체 Abstract To understand the human responses to the virus (COVID-19), especially in the Immune response. 따라서, 해당 페이퍼의 목표는 COVID-19로인한 면역 반응에서 큰 역할을 하는 immune genes를 발견하는 것이다. 사용한 ..