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Cell Ranger OUTPUT FILES Cell ranger 의 output 은 outs/ 폴더에 저장이 된다. 해당 폴더에는 sequencing data, the annotated read sequences, gene expression matrices 등이 존재한다. 각 파일에 대한 더 자세한 정보 Matrices Web Summary .html Secondary Analysis CSV BAM Molecule Info (h5) Loupe File (.cloupe) Summary.html WEL SUMMARY .html cell ranger 가 제공해주는 summary 와 analysis 를 html 형식으로 확인할 수 있다. 다음 figure에서 볼 수 있듯이, 크게 summary 와 gene ..

해당 포스트는 Illumina (10x) 기술을 이용한 single cell RNAseq 에 초점이 맞춰져 있습니다. Chromium 10x single cell - Barcodes and UMI Paired-end sequencing output 은 주로 5’ → 3’ 방향으로 읽힌 두개의 fastq files 이다. 첫번째 Read 1 (R1) 은 항상 primer 의 Cell barcode + UMI (unique molecular identifiers) 부분을 포함하고 Read 2 (R2)는 reverse sequence를 읽는다(figure 1.3을 참고). Sequencing 으로 얻어낸 reads (containing cell barcode, UMI and cDNA) 를 이용하여, trans..

NGS 데이터는 sequencer 에 의해서 생성되는 sequencing 파일 (fastq)를 시작으로 모든 분석이 이루어지면서 특정 성격을 띈다. NGS 세계에서 이용되는 많은 데이터 포맷 중, 가장 기본이 되는 파일들의 형식들을 중점으로 정리해보았다. * sequencers 예시: Illumina HiSeq 2500, Illumina NextSeq 500i, Illumina MiSeq,,, FASTQ : sequencing data with scores SAM : fastq파일을 aligning (mapping) 한 output 파일 (사람이 읽을 수 있는 버전) BAM : SAM 을 binary 한 파일로 사람이 읽을 수는 없지만, 용량을 줄일 수 있다. VCF : (Variant Calling F..

"Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data" May, 2014 Abstract genetics, genomics 연구들로부터 얻은 방대한 NGS 데이터를 이용한 분석은 정확한 SNPs calling 과 genotypes에 크게 의존한다. 최근에 개발된 통계방법은 불확실한 genotype calling을 수치화하고 향상시켰다. 그리고 이는 계속 늘어나고있는 low-to medium coverage 데이터를 이용한 연구에 특히 도움이 될 것이다. 논문은 이 방법들을 리뷰하고, NGS 스터디에서의 사용법을 제공한다. NGS 방법은 낮은 가격에 믿을만한 large scale DNA sequencing 을 제공한다. 해당 sequencing 을..