바이오 대표

데이터를 시각화 하는 것은 의미 있는 해석을 하기 위해 중요한 단계입니다. 해당 글에서는 R 언어을 이용해서 히트맵을 그리는 다양한 패키지 중 (pheatmap, ggplot, complexheatmap) 중 파라미터들를 이용해서 이쁘게 그릴 수 있는 complexheatmap()에 관하여 알아보겠습니다. ComplexHeatmap heatmap을 그릴 때, 필요한 요소는 matrix 입니다. 하지만 좀 더 이쁜 그림을 위해 다음과 같은 요소들을 사용할 수 있습니다. 필수! matrix (ex. gene vs sample counts) 선택 color heat_colors colorRamp2 선택 column annotation colanno HeatmapAnnotation 선택 row annotatio..

오늘 부터 흔하게 사용되는 R functions들 중의 유의미 한 아이들을 하나씩 설명해보고자 한다. 오늘은 grepl ( pattern , x ) 이다. grepl ( pattern , x ) 이란? grepl()은 주어진 문자열에서 특정 패턴이 존재하는지 여부를 TRUE/FALSE 값으로 반환한다. 특정 패턴이 포함되어 있는 문자열을 빠르고 쉽게 검색하기 위해 사용된다. 예시 text

요약: filter( ) arrange( ) - order 바꿔줌 select( ) - pick variables (columns) by names mutate( ) - create new variables, existing variables 이용 summarize( ) ** group_by( ) 로 중복 사용 가능 예시 데이터 library(nycflights13) library(tidyverse) flights #> # A tibble: 336,776 x 19 #> year month day dep_time sched_dep_time dep_delay arr_time sched_arr_time #> #> 1 2013 1 1 517 515 2 830 819 #> 2 2013 1 1 533 529 4 8..