바이오 대표

Cell Ranger 이란? (v7.1) Illumina 의 Chromium single cell data 를 align 하고 feature-barcode matrics를 만들고, clustering secondary analysis 등을 하기 위한 분석 파이프라인 set 입니다. Cell ranger을 이용해서 데이터를 핸들링 할때 크게 다음 5개의 파이프라인 사용이 가능합니다. cellranger mkfastq Demultiplexing BCL(raw base call) files → FASTQ files bcl2fastq cellranger count Illumina single cell FASTQ가 주어진다면 가장 흔하게 사용되는 파이프라인입니다. Alignment, filtering, barco..

Abstract 10x Genomics (droplet-based system) 3’ mRNA counting of tens of thousands of single-cell per sample 8 samples at a time 50% cell capture efficiency ~ 250k single cells across 29 samples 로 [1] sensitivity, [2] ability to detect rare population를 파악하고, 68k PBMC cells을 이용하여 [3] ability to characterize large (immune) population 를 실험하였다. 또한 골수 이식환자 데이터의 sequence variation을 이용하여 [4] host/donor..

해당 글은 "Current best practices in single-cell RNA-seqanalysis: a tutorial" https://www.embopress.org/doi/epdf/10.15252/msb.20188746" 를 요약 정리한 글입니다. 전체 흐름 scRNAseq analysis tools increase → lack of standardization (+ dependency of language) The paper introduces the typical scRNAseq analysis steps as current best-practice recommendations. 처음 분석을 하시는 분들께 어느정도 가이드라인이 되는 페이퍼라고 생각한다. count matrix pre-p..

- PCA - 해당 글에서는 UMAP 관련해서 좀 자세히 다뤄보려 한다. 다음 내용은 StatQuest 을 참조하였다. UMAP 을 이용해서 High dimension 데이터를 low-dimension에 표현할 수 있다. How? 전체적인 그림은, 낮은차원에서 point를 움직여서, high dimention 에서와 비슷한 모습을 보이도록 조정하는 방법이고 이를 Similarity score 을 계산하여 사용한다. 1. High-dimention points 에서 서로간의 distance 를 계산한다. 2. High-dimention neighbor 숫자 (default 15) 에 따라 log2 (#of neighbor) 을 이용하여 curve 를 그리고, 각 포인트의 similarity score 을 ..