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바이오 대표

[SEACR 논문] “Peak calling by Sparse Enrichment Analysis for CUT&RUN chromatin profiling”

Background DNA 의 어느 부분에 protein 이 붙어있는지에 따라, 유전자 발현양이나, 세포의 운명? 이 결정된다. 따라서 해당 위치를 알아내기 위해 사용되는 기술로는 ChiP-seq(protein 과 dna 를 link 하고 dna 자른 뒤 antibody로 추출하는) 과 CUT&RUN(Antibody-directed MNase 가 protein binding 위치를 자르는 기술) 이 있다. ChiP-seq 기술이 좀더 오래 사용되었고, 많은 분석 툴들이 해당 기술에 초점이 맞춰져있어서 이를 CUT&RUN 데이터에 적용시키기 어려운면이 있다. Chip-seq 데이터는 background noise 가 큰 반면, CUT&RUN low read length, low and sparseness ..
Bioinformatics/Tools 2023. 4. 6. 15:30
[ Cut & Tag / Cut & Run ] Cut & Tag 투토리얼

해당 글을 https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#Cite_this_tutorial 을 참고하였습니다. CUT & TAG Data Processing and Analysis Tutorial 1. Introduction Eukaryotic nucleus DNA에서 일어나는 모든 dynamic process 는 chromatin landscape/지형 을 따른다고 보면된다. Chromatin landscape 는 nucleosomes, their modification, TF and chromatin-associated complexed 등으로 이루어져있다. 이렇게 다는 chromatin features 을 이용하면 다른 cell type간, development..
Bioinformatics/Tools 2023. 3. 18. 05:05
[ Bioinformatics 논문 ] "An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites"

"An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites" Skene and Henikoff Jan, 2017 Abstract Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease (CUT & RUN) Cut & Run 역할: quantitative high-resolution chromatin mapping probing(자세히 조사) of the local chromatin environment 장점: Simple, robust, need ~1/10th the sequencing depth as ChIP (low background data) 따라서 in situ..
논문 2022. 9. 27. 06:55
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