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목록cellranger (3)
바이오 대표
Abstract 10x Genomics (droplet-based system) 3’ mRNA counting of tens of thousands of single-cell per sample 8 samples at a time 50% cell capture efficiency ~ 250k single cells across 29 samples 로 [1] sensitivity, [2] ability to detect rare population를 파악하고, 68k PBMC cells을 이용하여 [3] ability to characterize large (immune) population 를 실험하였다. 또한 골수 이식환자 데이터의 sequence variation을 이용하여 [4] host/donor..
[NGS scRNAseq] cellranger count 의 output 파일, summary.html 해석
Cell Ranger OUTPUT FILES Cell ranger 의 output 은 outs/ 폴더에 저장이 된다. 해당 폴더에는 sequencing data, the annotated read sequences, gene expression matrices 등이 존재한다. 각 파일에 대한 더 자세한 정보 Matrices Web Summary .html Secondary Analysis CSV BAM Molecule Info (h5) Loupe File (.cloupe) Summary.html WEL SUMMARY .html cell ranger 가 제공해주는 summary 와 analysis 를 html 형식으로 확인할 수 있다. 다음 figure에서 볼 수 있듯이, 크게 summary 와 gene ..
[NGS scRNAseq] Chromium 10x Illumina의 기본이해(workflow)와 Cell ranger count
해당 포스트는 Illumina (10x) 기술을 이용한 single cell RNAseq 에 초점이 맞춰져 있습니다. Chromium 10x single cell - Barcodes and UMI Paired-end sequencing output 은 주로 5’ → 3’ 방향으로 읽힌 두개의 fastq files 이다. 첫번째 Read 1 (R1) 은 항상 primer 의 Cell barcode + UMI (unique molecular identifiers) 부분을 포함하고 Read 2 (R2)는 reverse sequence를 읽는다(figure 1.3을 참고). Sequencing 으로 얻어낸 reads (containing cell barcode, UMI and cDNA) 를 이용하여, trans..