바이오 대표

“Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial” 논문 요약 요약 scRNAseq analysis tools increase → lack of standardization (+ dependency of language) The paper introduces the typical scRNAseq analysis steps as current best-practice recommendations. count matrix pre-processing QC, normalization, data correction, feature selection, dimensionality reduction cell - and gene-level downs..

"A practical guide to scRNAseq for biomedical research and clinical applications" Abstract Biological sample 의 RNAseq을 이용해서 우리는 mRNA을 발견하고 정략분석을 진행 할 수 있고 이를 이용하여, cellular response를 연구 할 수 있다. 2009년, 첫 scRNAseq 연구가 진행된뒤로, 해당 필드의 많은 발전이 있었다. 해당 논문에서는 scRNAseq 연구를 디자인하기 위한 기본 정보들을 소개한다: hardware, protocol choice, QC, data analysis, biological interpretation. *cellular response: Any process that r..

Introduction to single-cell RNA-seq Human tissue 에는 엄청나게 다양한 cell types, states, interactions들이 있다. 해당 tissues와 celltypes을 좀 더 자세히 이해하기 위해 single cell RNAseq를 이용할 수 있고 이를 이용해 individual cells에서의 gene express를 확인 할 수있다. 사용예시 하나의 tissue 에 존재하는 cell types 알아낼 수있다. 알려지지 않거나 드문 cell types / states를 알아낼 수 있다. Differentiation process 나 시간/state 의 흐름에 따른 gene expression 변화를 알 수 있다. condition 에 따른 특정 cel..

Cell Ranger OUTPUT FILES Cell ranger 의 output 은 outs/ 폴더에 저장이 된다. 해당 폴더에는 sequencing data, the annotated read sequences, gene expression matrices 등이 존재한다. 각 파일에 대한 더 자세한 정보 Matrices Web Summary .html Secondary Analysis CSV BAM Molecule Info (h5) Loupe File (.cloupe) Summary.html WEL SUMMARY .html cell ranger 가 제공해주는 summary 와 analysis 를 html 형식으로 확인할 수 있다. 다음 figure에서 볼 수 있듯이, 크게 summary 와 gene ..