| 일 | 월 | 화 | 수 | 목 | 금 | 토 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | ||
| 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 |
| 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 |
| 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 | 26 |
| 27 | 28 | 29 | 30 |
Tags
- Batch effect
- javascript
- DataFrame
- single cell rnaseq
- single cell
- Bioinformatics
- single cell analysis
- ChIPseq
- python matplotlib
- EdgeR
- scRNAseq
- drug development
- cellranger
- 비타민 C
- HTML
- CUT&RUN
- CUTandRUN
- pandas
- MACS2
- ngs
- scRNAseq analysis
- matplotlib
- github
- drug muggers
- PYTHON
- 싱글셀 분석
- CSS
- Git
- js
- julia
Archives
- Today
- Total
목록Cicero (1)
바이오 대표
[NGS scATACseq] scATACseq, Cicero를 이용해서 cis-regulatory gene network 분석하기
Cicero Cicero single-cell chromatin accessibility data 를 이용 → co-accessibility examine → cis-regulatory network를 구성하고 분석하기 위한 툴이다. 나는 scATACseq을 분석하기 위해 해당 툴을 이용했다. How? chromatin accessibility data → physically proximity 한 regions of genome 구하기→ 추정되는 enhancer-promoter pair 찾기 → cis-regulatory network 구성 Step 0. Create an input CDS Cicero는 CDS (cell_data_set) class object 를 이용한다. 10x scATACseq 데..
Bioinformatics/Tools
2022. 12. 28. 04:01