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[ CITE-seq DE Analysis ] Differential expression analysis for the protein component of CITE-seq data (CiteFuse)

CITE-seq 은 single cells 에서의 [1] Transcripts [2] Extracellular proteins 의 quantification 을 동시에 구할 수 있다. 기본 scRNA-seq (single cell RNA-seq) 으로는 알아 낼 수 없는 post-transcriptional gene regulation 이나 cell-surface protein levels 와 같은 phenotypic information을 알수 있다. CITE-seq 데이터를 이용해서 DE Analysis 를 진행해보았다. 가장 대표적인 R Bioconductor package CiteFuse 를 이용하였다. CiteFuse 는 transcript data와 protein data 를 구별하여 다루고 ..
My works 2022. 1. 27. 19:34
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