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[ IGV ] IGV 에 custom annotation track 만들고 업로드 하기 (유전자 이름으로 검색)

Custom annotation track IGV에서 annotation track을 통해 원하는 유전자 검색으로 해당 위치를 관찰 할 수 있다. 하지만 내가 가지고 있는 데이터가 custom 이여서 유전자 검색이 되지않아서 custom annotation track을 만들어 보았다. How? 보통 “standard’ gene track 은 ncbi refseq 형식이다. 예로, ncbiRefSeq.sorted.txt and ncbiRefSeq.sql (참고 링크와, 그림1,2 참고). Custom genome을 가지고 있다면 annotation track 을 그림2 와 같은 format으로 만들어 줄수 있다. 이는 [1] gtf파일이 있으면 ucsc의 ‘gtfToGenePred’ 로 만들고 [2] co..
Bioinformatics/Tools 2023. 7. 11. 09:10
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