| 일 | 월 | 화 | 수 | 목 | 금 | 토 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | |||
| 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 |
| 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 |
| 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 |
| 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 |
Tags
- scRNAseq analysis
- cellranger
- github
- scRNAseq
- HTML
- 비타민 C
- drug development
- single cell
- ngs
- python matplotlib
- pandas
- CUT&RUN
- drug muggers
- PYTHON
- MACS2
- ChIPseq
- single cell analysis
- Git
- single cell rnaseq
- EdgeR
- matplotlib
- CSS
- Batch effect
- js
- julia
- Bioinformatics
- javascript
- DataFrame
- 싱글셀 분석
- CUTandRUN
Archives
- Today
- Total
목록Seurat v4 (1)
바이오 대표
[scRNAseq 논문] 싱글셀 Seurat v4 (“Integrated analysis of multimodal single-cell data” 2021
Introduction Mutimodals 을 이용한 싱글셀 분석. 해당 논문에서는 “weighted-nearest neighbor(WNN)” 을 이용하여 integrate multiple data types (joint definition of cellular states)를 구한다. WNN 은 각 cell-specific modality weights를 구하는 unsupervised learning 이다. Results 대부분 CITE-seq을 기준으로 진행하였다. CITE-seq을 이용하면 scRNAseq 데이터와 세포 표면에 붙어있는 protein들의 정보를 알 수 있다. 여러 modality를 이용했을때, 각 세포를 더 잘 reflect 할 수 있는 modality 에 더 큰 weight 부여해..
논문
2023. 3. 13. 07:15