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바이오 대표
[MACS2] Peak calling with MACS2
MACS2(Model-based Analysis of ChiP-seq) for ChIP-seq or ATAC-seq Peak Calling = Chip-seq 실험에서 enriched aligned reads, genome area 를 찾는 것이다. Chip-seq에서 나온 alignment files (SAM/BAM) 에서 sense(+) strand와 antisense(-) strand 에서의 read densities 가 다름을 확인할 수 있다. 5' ends를 통해 +/- strand를 구분할 수 있다. 통계학을 이용해 각 그룹들의 distribution을 평가하고, background와 비교하여 해당 enrichment site 가 정말 binding site 인지 확인할 수 있다. peak c..
Bioinformatics
2022. 10. 3. 14:56