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바이오 대표

[scRNAseq 논문] 싱글셀 batch integration “A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data” 2020

Abstract 해당 논문에서는 현존하는 14개의 batch correction 방법들을 비교분석한 결과를 다음과 같은 3개의 카테고리에서 보여준다. [1] computational runtime, [2] 큰 데이터셋을 다루는 능력치 [3] 순수 cell type 을 잘 보존하면서 batch correction 을 하는지. 결론적으로는 Harmony, LIGER, Seurat 3 을 추천한다. Introduction 현재 single cell 데이터 batch correction 에 주로 사용되는 알고리즘들을 소개한다. MNNs (Haghverdi et al.) 합치고 싶은 2개의 데이터에서 mutual nearest neighbors (MNNs) 를 계산한다. 그리고 해당 MNNs (list of pa..
논문 2023. 2. 26. 09:49
[scRNAseq 논문] 싱글셀 RNA 시퀀싱 데이터 분석 흐름 “Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial”

“Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial” 논문 요약 요약 scRNAseq analysis tools increase → lack of standardization (+ dependency of language) The paper introduces the typical scRNAseq analysis steps as current best-practice recommendations. count matrix pre-processing QC, normalization, data correction, feature selection, dimensionality reduction cell - and gene-level downs..
논문 2023. 2. 20. 08:58
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