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[ FRiP 스코어 ] BEDTools, Samtools 이용해서 FRiP 스코어 구하기

DiffBind 를 사용하여 분석하다가, FRiP 스코어가 너무 낮아서 다른 방법을 찾아보았다. Diffbind 에서 계산해주는 FRiP는 consesnsus peak set에 dependent하기 때문에 더 낮은 score을 얻을 수 있다고 한다. FRiP FRiP score 이란 Fraction of Reads in Peaks이다. 말 그대로, 특정 called peaks (region) 에 들어가는 reads의 비율이라고 해석 할 수있다. 이는 usable reads in significantly enriched peaks/total number of mapped reads와 같이 계산된다. 실제 sample의 FRiP 계산해보기 1. 맵핑된 sequencing data (BAM/SAM) 과 cal..
Bioinformatics/Tools 2023. 6. 27. 00:31
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