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목록t-sne vs UMAP (1)
바이오 대표
[single cell Analysis] 싱글셀 분석 기본 다지기 4 - 클러스터 visualization (UMAP)
- PCA - 해당 글에서는 UMAP 관련해서 좀 자세히 다뤄보려 한다. 다음 내용은 StatQuest 을 참조하였다. UMAP 을 이용해서 High dimension 데이터를 low-dimension에 표현할 수 있다. How? 전체적인 그림은, 낮은차원에서 point를 움직여서, high dimention 에서와 비슷한 모습을 보이도록 조정하는 방법이고 이를 Similarity score 을 계산하여 사용한다. 1. High-dimention points 에서 서로간의 distance 를 계산한다. 2. High-dimention neighbor 숫자 (default 15) 에 따라 log2 (#of neighbor) 을 이용하여 curve 를 그리고, 각 포인트의 similarity score 을 ..
Bioinformatics/NGS 기본지식
2023. 2. 23. 11:46