[NGS scRNAseq] cellranger count 의 output 파일, summary.html 해석

 

Cell Ranger

OUTPUT FILES

Cell ranger 의 output 은 outs/ 폴더에 저장이 된다. 해당 폴더에는 sequencing data, the annotated read sequences, gene expression matrices 등이 존재한다.

cellrange outs 폴더 overview

각 파일에 대한 더 자세한 정보

Matrices

Web Summary .html

Secondary Analysis CSV

BAM

Molecule Info (h5)

Loupe File (.cloupe)

 

 

 

 

 

 

 

Summary.html

WEL SUMMARY .html

cell ranger 가 제공해주는 summary 와 analysis 를 html 형식으로 확인할 수 있다. 다음 figure에서 볼 수 있듯이, 크게 summary 와 gene expression 탭으로 분리가 된다.

해당 html를 통하여, 일차적으로 데이터의 quality를 확인할 수 있다. 많은 카테고리 중 기본적으로 주의깊게 봐야 할 카테고리와 해당 기준점은 다음과 같다.

• (Cells) Barcode Rank Plot: 해당 plot 은 barcode counts distribution을 보여준다.  steep drop-off 가 good separation (cell-associated barcodes and barcodes associated with empty partitions) 을 의미한다.
• (Cells) Estimated Number of Cells: 500-10,000
• (Cells) Mean Reads per Cell: 20,000 reads/cell, minimum recommended reads per cell around 10,000
• (Sequencing) Valid barcodes: > 75%
• (Sequencing) Q30 bases in RNA read: ideally > 65%6
• (Mapping) Reads mapped confidently to transcriptome: ideally > 30%
• (Mapping) Reads mapped antisense to gene: ideally < 10%

** 보다 자세히 이용하고싶다면, 각 카테고리의 ok 기준점을 확인하고싶다면 https://assets.ctfassets.net/an68im79xiti/163qWiQBTVi2YLbskJphQX/e90bb82151b1cdab6d7e9b6c845e6130/CG000329_TechnicalNote_InterpretingCellRangerWebSummaryFiles_RevA.pdf 를 참고하길 바란다. plot 관련되 설명도 아주 자세히 나와있다.

 

예시) Bacrdoe Rank Plot 해석하기