[ samtools ] fastq --> bam (unaligned)

 

samtools 는 sequencing data를 다룰 때 흔히 사용되는 software package 이다.  보통 SAM (sequence alignment/map), BAM, CRAM 파일에서 alignments를 다루기 위해 사용된다. 흔히 사용되는 기능은 다음과 같다. 

1. converting format (파일 형태를 SAM, BAM, CRAM 등으로)
2. sorting (순서정렬)
3. merging (합치기)
4. indexing (인덱싱) 
5. retrieve reads (검색) 

 

Samtools Install 

Homebrew 를 이용해서 쉽게 install 할 수 있다. 

$ brew install samtools

 

!! 만약 당신이 맥북 M1 chip user 이라면 문제가 좀 복잡해진다. 

2022.01.22 - [Extra] - [ M1 chip ] Homebrew 설치 (wget)

[ M1 chip ] Homebrew 설치 (wget)

해당 게시물처럼 M1 chip 을 위한 Rosetta2 emulator 와 homebrew를 다시 설치해주고 samtools 를 install 해야한다.

$ arch -x86_64 brew install samtools

 

 

Samtools (fastq  --> bam) 

# fastq 

해당 파일은 4 lines 으로  [1] sequence identifier [2] sequence (A,C,T,G,(N)) [3] + (seperator) [4] base call quality score (using ASCII characters)  정보를 담고 있다. 

fastq file (첫 10줄만 보이기)

# fastq --> bam  (unaligned)

$ samtools import input.fastq > output.bam

보통 SAM/ BAM file은 aligned (or mapping) 된 파일을 칭하는데, unaligned bam 파일로 변형하여 header 을 이용해 sample meta-data를 트랙킹하거나, auxiliary tags를 이용해 per-read meta-data를 알아낼 수 있다. 

 

 

 

http://www.htslib.org/doc/samtools.html  에서 더 많은 기능들을 쉽게 찾아볼 수 있다. 

samtools(1) manual page