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바이오 대표
[ 공간전사체 논문 ] FFPE 이용 가능한 공간전사체 툴 비교/밴치마킹 (10x Xenium vs Vizgen MERSCOPE vs Nanostring(bruke) CosMX) "Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues" 2023.12
⇒ OVERALLCell Segmentation 은 지금 2025/02에는 또 달라졌을 수도 있지만 해당 페이퍼에서는 CosMx가 Segmentation은 잘하지만, Cell type recovery based on gene markers는 Xenium이 확실히 뛰어난다. 만약 샘플이 오래되어서 RNA degradation 이 심하면 Xenium와 같이 fewer landing sites, heavily amplified 되는 프로레스가 가장 적합하다. 샘플 퀄리티가 좋으면 어떤 플랫폼이든 비슷한 결과를 보인다.참고로 최근에 'proseg'라고 segmentation하는 툴 나온게 있는데 확인해볼만 하다.https://github.com/dcjones/proseg Spatial Transcriptomic..
VCF(variant call format) = 유전자 서열 변이 정보 저장 텍스트 파일 # 예시 ##fileformat=VCFv4.0 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=1000GenomesPilot-NCBI36 ##phasing=partial ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##FILTER= ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003 20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;D..