바이오 대표

Background DNA 의 어느 부분에 protein 이 붙어있는지에 따라, 유전자 발현양이나, 세포의 운명? 이 결정된다. 따라서 해당 위치를 알아내기 위해 사용되는 기술로는 ChiP-seq(protein 과 dna 를 link 하고 dna 자른 뒤 antibody로 추출하는) 과 CUT&RUN(Antibody-directed MNase 가 protein binding 위치를 자르는 기술) 이 있다. ChiP-seq 기술이 좀더 오래 사용되었고, 많은 분석 툴들이 해당 기술에 초점이 맞춰져있어서 이를 CUT&RUN 데이터에 적용시키기 어려운면이 있다. Chip-seq 데이터는 background noise 가 큰 반면, CUT&RUN low read length, low and sparseness ..

해당 글을 https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#Cite_this_tutorial 을 참고하였습니다. CUT & TAG Data Processing and Analysis Tutorial 1. Introduction Eukaryotic nucleus DNA에서 일어나는 모든 dynamic process 는 chromatin landscape/지형 을 따른다고 보면된다. Chromatin landscape 는 nucleosomes, their modification, TF and chromatin-associated complexed 등으로 이루어져있다. 이렇게 다는 chromatin features 을 이용하면 다른 cell type간, development..

MACS2(Model-based Analysis of ChiP-seq) for ChIP-seq or ATAC-seq Peak Calling = Chip-seq 실험에서 enriched aligned reads, genome area 를 찾는 것이다. Chip-seq에서 나온 alignment files (SAM/BAM) 에서 sense(+) strand와 antisense(-) strand 에서의 read densities 가 다름을 확인할 수 있다. 5' ends를 통해 +/- strand를 구분할 수 있다. 통계학을 이용해 각 그룹들의 distribution을 평가하고, background와 비교하여 해당 enrichment site 가 정말 binding site 인지 확인할 수 있다. peak c..