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[ MHC genotyping Tools Benchmarking ] Benchmarking of NGS-based MHC-II genotyping algorithms

해당 프로젝트는 MHC-II 를 genotyping 하는 11개의 Tools/algorithms 을 benchmarking 하는 것이다. 그 과정에서 Version difference, input data type, annoation method 등과 같은 많은 문제들을 debugging하였다. 또한 중복 노동을 줄이기 위하여 bash를 이용한 autopipelines을 만들었다. Benchmarking에서만 끝낸것이 아니라 모든 결과들을 통합해 metaclassicier 을 이용해 2% accuracy improvement를 해냈다. (해당 프로젝트는 1000G, TCGA 에서의 WES, WGS, RNA-seq 데이터를 R, python, linux, bash 를 이용하여 진행하였다. ) Abstrac..
My works 2022. 1. 22. 17:51
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