| 일 | 월 | 화 | 수 | 목 | 금 | 토 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | |||
| 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 |
| 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 |
| 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 |
| 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 |
Tags
- julia
- pandas
- single cell analysis
- HTML
- cellranger
- javascript
- Bioinformatics
- python matplotlib
- js
- DataFrame
- scRNAseq analysis
- CUTandRUN
- drug development
- EdgeR
- 싱글셀 분석
- scRNAseq
- github
- ngs
- Git
- ChIPseq
- 비타민 C
- CUT&RUN
- MACS2
- Batch effect
- drug muggers
- single cell rnaseq
- PYTHON
- matplotlib
- CSS
- single cell
Archives
- Today
- Total
목록bigwig (1)
바이오 대표
[Bioinformatics] NGS 파일 포맷 - fastq, sam, bam, bed, bigwig,,,
NGS 데이터는 sequencer 에 의해서 생성되는 sequencing 파일 (fastq)를 시작으로 모든 분석이 이루어지면서 특정 성격을 띈다. NGS 세계에서 이용되는 많은 데이터 포맷 중, 가장 기본이 되는 파일들의 형식들을 중점으로 정리해보았다. * sequencers 예시: Illumina HiSeq 2500, Illumina NextSeq 500i, Illumina MiSeq,,, FASTQ : sequencing data with scores SAM : fastq파일을 aligning (mapping) 한 output 파일 (사람이 읽을 수 있는 버전) BAM : SAM 을 binary 한 파일로 사람이 읽을 수는 없지만, 용량을 줄일 수 있다. VCF : (Variant Calling F..
Bioinformatics/NGS 기본지식
2022. 12. 4. 10:00