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[ Bioinformatics 논문 ] PacBio Sequencing and Its Applications

" PacBio Sequencing and Its Applications " 요새 제일 핫한 long-read PacBio sequencing 에 관한 논문이다. Abstract Pacific Bioscience가 발명한 단일분자 (Single-molecule) 실시간 (real-time) sequencing 은 second-generationg sequencing 보다 더 긴 read lengths 를 제공함으로써, genomes, transcriptome* 그리고 epigenetics* research에서의 풀지 못한 문제들에 사용 된다. PacBio sequencing 을 이용한 de novo assmbiles는 현존하는 reference assemblies의 빈 부분을 채울 수 있고, struct..
논문 2022. 7. 20. 00:04
[ Bioinformatics ] VCF (variant call format) 파일

VCF(variant call format) = 유전자 서열 변이 정보 저장 텍스트 파일 # 예시 ##fileformat=VCFv4.0 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=1000GenomesPilot-NCBI36 ##phasing=partial ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##FILTER= ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003 20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;D..
Bioinformatics 2022. 3. 28. 05:24
[ samtools ] fastq --> bam (unaligned)

samtools 는 sequencing data를 다룰 때 흔히 사용되는 software package 이다. 보통 SAM (sequence alignment/map), BAM, CRAM 파일에서 alignments를 다루기 위해 사용된다. 흔히 사용되는 기능은 다음과 같다. converting format (파일 형태를 SAM, BAM, CRAM 등으로) sorting (순서정렬) merging (합치기) indexing (인덱싱) retrieve reads (검색) Samtools Install Homebrew 를 이용해서 쉽게 install 할 수 있다. $ brew install samtools !! 만약 당신이 맥북 M1 chip user 이라면 문제가 좀 복잡해진다. 2022.01.22 - [..
Bioinformatics 2022. 1. 22. 17:37
[ Drug Development ] CheMBL DB & PubChem을 이용한 DRUG 후보 뽑아내기

## DB 데이터베이스와 ML 을 이용한 target 에 적합한 chemical compound (drugs) 찾기 - CheMBL *chemical "SMILES" : simplied molecular-input line entry system (molecule들의 구조 structure 을 컴퓨터가 인식하기 쉽고 문자열로 나타낸 것) - Descriptors 이용 가능 ex) Lipinski descriptors 를 이용해서 먹는 약 (orally active drug)가 될 자격이 있는지 확인 가능 Lipinski descriptors 포..
Drug 2021. 10. 4. 22:28
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