| 일 | 월 | 화 | 수 | 목 | 금 | 토 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | |||
| 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 |
| 12 | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 |
| 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 | 25 |
| 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 |
- js
- HTML
- scRNAseq
- Batch effect
- CUTandRUN
- MACS2
- Git
- single cell
- EdgeR
- github
- matplotlib
- scRNAseq analysis
- PYTHON
- Bioinformatics
- drug muggers
- drug development
- DataFrame
- javascript
- ngs
- CUT&RUN
- julia
- pandas
- 싱글셀 분석
- single cell rnaseq
- python matplotlib
- ChIPseq
- 비타민 C
- single cell analysis
- cellranger
- CSS
- Today
- Total
목록scRNAseq 분석 파이프라인 (2)
바이오 대표
[NGS scRNAseq] cellranger count 의 output 파일, summary.html 해석
Cell Ranger OUTPUT FILES Cell ranger 의 output 은 outs/ 폴더에 저장이 된다. 해당 폴더에는 sequencing data, the annotated read sequences, gene expression matrices 등이 존재한다. 각 파일에 대한 더 자세한 정보 Matrices Web Summary .html Secondary Analysis CSV BAM Molecule Info (h5) Loupe File (.cloupe) Summary.html WEL SUMMARY .html cell ranger 가 제공해주는 summary 와 analysis 를 html 형식으로 확인할 수 있다. 다음 figure에서 볼 수 있듯이, 크게 summary 와 gene ..
[NGS scRNAseq] Chromium 10x Illumina의 기본이해(workflow)와 Cell ranger count
해당 포스트는 Illumina (10x) 기술을 이용한 single cell RNAseq 에 초점이 맞춰져 있습니다. Chromium 10x single cell - Barcodes and UMI Paired-end sequencing output 은 주로 5’ → 3’ 방향으로 읽힌 두개의 fastq files 이다. 첫번째 Read 1 (R1) 은 항상 primer 의 Cell barcode + UMI (unique molecular identifiers) 부분을 포함하고 Read 2 (R2)는 reverse sequence를 읽는다(figure 1.3을 참고). Sequencing 으로 얻어낸 reads (containing cell barcode, UMI and cDNA) 를 이용하여, trans..