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[ Bioinformatics 논문 ] CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers

바이오 대표 2022. 7. 14. 18:27

 

" CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers "

 

Abstract 

single-cell RNA sequencing 기술을 이용한 암연구가 대폭 증가하면서, 다양한 암에서의 세포 이질성 (cellular heterogeneity), 면역 양상 (immune landscape), 그리고 발병 (pathogenesis)이 잇따라서 알려지고 있습니다. 지난 10년간, 다양한 cancer type의 tumer microenviornment에서의 핵심적 연구들에서의 통합과 가공을 위해, cancer scRNA-seq 데이터셋의 엄청난 수요를 필요로 하였다. 이러한 수요와 공급의 차이를 줄이기 위해, 해당 논문에서 Cancer Single-cell Expression Map (CancerSCEM) 데이터 베이스를 개발하였다. 이는 특히 human cancers 의 다양성에 초점을 맞췄다. 지금까지, CancerSCE version 1.0은 28개의 연구와, 20개의 human cancer type에 대한 208개의 암 샘플로 이루어져 있다. 각 샘플에 대한 일정한 다중스케일 분석이 실행되었으며, 이는 정확한 cell type annotation, functional gene expression, cell interaction network 그리고 survival analysis 등을 포함한다. 여기에 더해, 해당 논문에서는 CancerSCEM 을 보다 쉽게 사용자들이 metadata와 결과를 둘러보고, 찾아보고, online분석, 그리고 다운로드를 할 수 있는 web interface 를 사용하였다. 좀더 중요하고 전례없는, CancerSCEM의 새롭게 구성된 종합적 온라인 분석 플랫폼은 연구자들이 cancer scRNS-seq 분석을 어디에 통합 실행 할 수 있는지에 관한 7개의 분석 함수를 통합한다. CancerSCME은 human cancer studies를 가능하게 하기위하여 유익하고 실용적인 기반을 닦고, 임상요법평가를 위한 통찰력 또한 제공한다

 

 

CancerSCEM

 

해당 web interface 는 https://ngdc.cncb.ac.cn/cancerscem/ 에서 확인 할 수 있다.

 

GEO, GSA, ArrayExpress, Single Cell Expression Atlas, ZENOO 데이터 리소스에서, 10x-Genomics, Smart-seq2, Drop-seq, Seq-Well, Microwell을 이용하여 분석한 프로젝트를 정리한 웹사이트이다. 

 

 

 

Figures

 

(A) 모든 cancer scRNA-seq 프로젝트 및 샘플 overview table (B) 각 cancer 샘플의 전체적인 metadata (C) cancer TME와 functional gene expression 관련 종합적인 general 분석 을 포함하고 있다.

 

 

data querying 이 가능하며, 요청하는 정보(cancer type, gene symbolm 등) 을 이용해 Gene expression level 관련 데이터를 찾을 수 있다. 

 

 

그 외에 다양한 분석 module 이 있다.

 

 

 

 

Jingyao Zeng, Yadong Zhang, Yunfei Shang, Jialin Mai, Shuo Shi, Mingming Lu, Congfan Bu, Zhewen Zhang, Zaichao Zhang, Yang Li, Zhenglin Du, Jingfa Xiao, CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers, Nucleic Acids Research, Volume 50, Issue D1, 7 January 2022, Pages D1147–D1155, https://doi.org/10.1093/nar/gkab905

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