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[ Bioinformatics 논문 ] CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers

" CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers " Abstract single-cell RNA sequencing 기술을 이용한 암연구가 대폭 증가하면서, 다양한 암에서의 세포 이질성 (cellular heterogeneity), 면역 양상 (immune landscape), 그리고 발병 (pathogenesis)이 잇따라서 알려지고 있습니다. 지난 10년간, 다양한 cancer type의 tumer microenviornment에서의 핵심적 연구들에서의 통합과 가공을 위해, cancer scRNA-seq 데이터셋의 엄청난 수요를 필요로 하였다. 이러한 수요와 공급의 차이를 줄이기 위해, 해당 논문에서..
논문 2022. 7. 14. 18:27
[ matplotlib #11 ] Python matplotlib.pyplot 기본 코드 한번에 정리_11 (Box plot 박스 플롯)

Matplotlib Box plot 박스 플롯 정리 1~ 10 에서 python matplotlib.pyplot 의 전반적인 설명과 plotting plt.plot( ), marker, line, label, grid, subplot, scatter, bars plot, pie chart, heatmap 에 대해서 살펴보았습니다. 이번 글에서는 해당 라이브러리로 Box plot 박스플롯 에 대한 설명합니다. box plot plt.boxplot( ) argument notched notch = True whis 조절 whis = number 수평 박스 vert = False Box plot 박스 플롯 그리기 Box plot (박스 플롯)은 Box-whisker plot 이라고도 불리며, 수치 데이터를..
Python/matplotlib 2022. 7. 11. 23:24
[ matplotlib #10 ] Python matplotlib.pyplot 기본 코드 한번에 정리_10 (Heatmap 히트맵)

Matplotlib Heatmap 히트맵 정리 1~ 8 에서 python matplotlib.pyplot 의 전반적인 설명과 plotting plt.plot( ), marker, line, label, grid, subplot, scatter, bars plot, pie chart 에 대해서 살펴보았습니다. 이번 글에서는 해당 라이브러리로 Heatmap 히트맵 에 대한 설명합니다. histogram plt.matshow( ) or plt.imshow( ) color bar plt.colorbar( ) color limit plt.clim( , ) colar map plt.get_camp('') Heatmap 히트맵 그리기 Heatmap 히트맵은 숫자 데이터를 분포를 색상을 이용해서 시각화 한 것이다. 나..
Python/matplotlib 2022. 7. 10. 23:06
[ matplotlib #9 ] Python matplotlib.pyplot 기본 코드 한번에 정리_9 (Pie 막대그래프)

Matplotlib Pie Chart 파이차트 정리 1~ 7 에서 python matplotlib.pyplot 의 전반적인 설명과 plotting plt.plot( ), marker, line, label, grid, subplot, scatter, bars plot 에 대해서 살펴보았습니다. 이번 글에서는 해당 라이브러리로 Pie chart 파이차트 에 대한 설명합니다. pie chart plt.pie( ) argument labels labels decimal autopct = '%.1f%%' 예시, 소숫점 한자리 까지 표현 start angle startangle 특정범주 분리해서 보이기 explode legend plt.legend( ) Pie chart 파이 차트 그리기 Pie chart (파이..
Python/matplotlib 2022. 7. 9. 14:37
[ matplotlib #8 ] Python matplotlib.pyplot 기본 코드 한번에 정리_8 (Histogram 히스토그램)

Matplotlib Histogram 정리 1~ 7 에서 python matplotlib.pyplot 의 전반적인 설명과 plotting plt.plot( ), marker, line, label, grid, subplot, scatter, bar plot 에 대해서 살펴보았습니다. 이번 글에서는 해당 라이브러리로 Histogram 즉 히스토그램 그래프에 대한 설명합니다. histogram plt.hist( ) legend label, plt.legend(loc=' ') argument bins label label cumulative Histogram 그래프 그리기 Histogram은 보통 array를 구간을 나누어, 한눈에 보고 싶을때 막대로 개체의 양을 나타낸 그래프입니다. plt.hist(arr..
Python/matplotlib 2022. 7. 8. 23:14
[ matplotlib #7 ] Python matplotlib.pyplot 기본 코드 한번에 정리_7 (Bars 막대그래프)

Matplotlib Bars Plot 정리 1~ 6 에서 python matplotlib.pyplot 의 전반적인 설명과 plotting plt.plot( ), marker, line, label, grid, subplot, scatter 에 대해서 살펴보았습니다. 이번 글에서는 해당 라이브러리로 Bars plot 즉 막대 그래프에 대한 설명합니다. bar plt.bar( ) horizontal bar plt.barh( ) bar color bar width bar height Bars plot 막대 그래프 그리기 Bars plot은 우리가 흔히 데이터 변수의 양 (quantity) 를 한눈에 보고 싶을때 막대로 개체의 양을 나타낸 그래프입니다. 그래서 카테고리데이터를 관찰할때도 많이 사용됩니다. plt..
Python/matplotlib 2022. 7. 6. 19:12
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