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[Bioinformatics 논문] Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data

"Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data" May, 2014 Abstract genetics, genomics 연구들로부터 얻은 방대한 NGS 데이터를 이용한 분석은 정확한 SNPs calling 과 genotypes에 크게 의존한다. 최근에 개발된 통계방법은 불확실한 genotype calling을 수치화하고 향상시켰다. 그리고 이는 계속 늘어나고있는 low-to medium coverage 데이터를 이용한 연구에 특히 도움이 될 것이다. 논문은 이 방법들을 리뷰하고, NGS 스터디에서의 사용법을 제공한다. NGS 방법은 낮은 가격에 믿을만한 large scale DNA sequencing 을 제공한다. 해당 sequencing 을..
논문 2022. 10. 2. 16:25
[ Bioinformatics 논문 ] "RNA-Seq Analysis Illuminates the Early Stages of PlasmodiumLiver Infection"

"RNA-Seq Analysis Illuminates the Early Stages of Plasmodium Liver Infection" RNAseq 분석으로 plasmodium Liver infection의 early stages 를 밝히다. Abstract apicomplexan parasites Plasmodium(말라리아 원충) 종은 글로벌 질병인 말라리아의 매개체이다. Plasmodium 말라리아 종은 인간 host에서 transforming, 적혈구에서의 replicating 을 통해 Infection을 시작한다. 이때, liver stage (LS) 는 다른 Plasmodium stages과 다르게 알려진게 별로 없기에, 질병 예방을 위한 targetting 에 문제가 있었다. 해당 논문에..
논문 2022. 9. 29. 14:23
[ Bioinformatics 논문 ] "An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites"

"An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites" Skene and Henikoff Jan, 2017 Abstract Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease (CUT & RUN) Cut & Run 역할: quantitative high-resolution chromatin mapping probing(자세히 조사) of the local chromatin environment 장점: Simple, robust, need ~1/10th the sequencing depth as ChIP (low background data) 따라서 in situ..
논문 2022. 9. 27. 06:55
[독서기록 #9] "나의 첫 ETF 포트폴리오" - 송민섭(수페TV)

2022년 출간 "나의 첫 ETF 포트폴리오" 카테고리: 경제/경영 > 재테크/금융 월 배당 ETF 에 대한 관심을 시작으로 ETF 관련 여러 서적을 읽고 있다. 그 중 "나의 첫 ETF 포트폴리오"가 좀 읽기 쉽고 깨끗하게 정리되어있어서 공유해보자 한다. 크게 3개의 챕터로 나눠져 있는데 [1부] ETF 제대로 시작하기 [2부] ETF 내맘대로 뜯어보기 [3부] 나의 첫 포트폴리오 로 구성되어있다. [1부]는 ETF 에 필요한 기초상식, 찾는법, 장점들을 서술하고 [2부]는 ETF 종류에 관한에 관한 설명 [3부]는 포트폴리오 구성예시들과, 연금저축관련한 내용들이 서술되어있다. 개인적으로 모든 챕터에 정보가 가득하고 다 읽어보면 좋을 듯 하다. 해당 글에서는 [1부] 에 좀더 초점을 두었다. ETF 투..
My books 2022. 8. 18. 12:06
[독서기록 #8] "나는 주식 대신 달러를 산다" - 박성현 (경제 베스트 셀러, 미국 월 배당 ETF 투자)

2021년 출간 "나는 주식 대신 달러를 산다" 카테고리: 경제/경영 > 재테크/금융 곧 미국에서 일을 시작 할 계획이다. 따라서 달러에 관심이 높아졌고, 달러 투자 관련 서적을 읽기 시작했다. 그 첫 스타트로 "나는 주식 대신 달러를 산다." 박성현 작가님의 책을 접하게 되었다. 아주 편하게 읽히고, 경험에서 우러나와, 대중들에게 쉽게 설명을 해주는 책이여서 술술 읽혔다. 세금이 없는 달러투자. 아주 매력적이고 솔깃하다. 세븐 스플릿 달러 투자 시스템이 제일 마음에 들었다. 개념은 단순하다. 7번 으 로 나눠서 다른 원/달러 환율로 달러를 매수하는 것이다. 예시로 다음과 같이 7개의 매수 원/달러 환율을 정한다고 하면, 다른 환율로 달러를 매수하고, 수익이 나면 매도 하는 것이다. 매수 1 - 1,20..
My books 2022. 8. 13. 11:52
[ 신약개발 논문 ] 모델기반 신약개발과 의사 결정 "Model-Informed Drug Development Approaches and Regulatory Decision Making"

" Review: Role of Model-Informed Drug Development Approaches in the Lifecycle of Drug Development and Regulatory Decision-Making " Abstract 모델기반 신약 개발 (MIDD: Model-informed drug development) 은 신약개발과 regulatory review (승인 검토?) 에 강한 방법이다. 미국 FDA 에서 MIDD의 많은 적용사례를 확인할 수 있다. MIDD 적용은 신약, 일반적 그리고 생멱적 상품들을 개발하는 라이프 사이클을 포괄한다. 신약개발 과정에서 MIDD은 종종 투여량 선택, 최적화, 효과증명이나 정책개발 같이 중요한 규제 검토 질문들을 평가하는 신약 개발 디자인..
논문 2022. 8. 12. 18:44
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