바이오 대표

" Telomere-to-telomere assembly of a complete human X chromosome " Abstract 지난 20여년간의 개선 끝에, 현재 human reference genome (GRCh38) 이 가장 정확하고 완성된 척추동물 게놈 (vertebrate genome)이다. 그러나, 단 하나의 염색체도 (chromosome) 몇백개의 풀지못한 갭들없이, 끝부터 끝까지 완성된 것은 없다. 해당 논문에서는 GRCH38을 능가하는, 갭이 없고 telomere 부터 telomere 까지의 human chromosome assembly를 소개한다. 이는 완전 포상기태(hydatidiform mole)* CHM13게놈의 high-coverage, ultra-long-read nan..

" CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers " Abstract single-cell RNA sequencing 기술을 이용한 암연구가 대폭 증가하면서, 다양한 암에서의 세포 이질성 (cellular heterogeneity), 면역 양상 (immune landscape), 그리고 발병 (pathogenesis)이 잇따라서 알려지고 있습니다. 지난 10년간, 다양한 cancer type의 tumer microenviornment에서의 핵심적 연구들에서의 통합과 가공을 위해, cancer scRNA-seq 데이터셋의 엄청난 수요를 필요로 하였다. 이러한 수요와 공급의 차이를 줄이기 위해, 해당 논문에서..

Matplotlib Box plot 박스 플롯 정리 1~ 10 에서 python matplotlib.pyplot 의 전반적인 설명과 plotting plt.plot( ), marker, line, label, grid, subplot, scatter, bars plot, pie chart, heatmap 에 대해서 살펴보았습니다. 이번 글에서는 해당 라이브러리로 Box plot 박스플롯 에 대한 설명합니다. box plot plt.boxplot( ) argument notched notch = True whis 조절 whis = number 수평 박스 vert = False Box plot 박스 플롯 그리기 Box plot (박스 플롯)은 Box-whisker plot 이라고도 불리며, 수치 데이터를..

Matplotlib Heatmap 히트맵 정리 1~ 8 에서 python matplotlib.pyplot 의 전반적인 설명과 plotting plt.plot( ), marker, line, label, grid, subplot, scatter, bars plot, pie chart 에 대해서 살펴보았습니다. 이번 글에서는 해당 라이브러리로 Heatmap 히트맵 에 대한 설명합니다. histogram plt.matshow( ) or plt.imshow( ) color bar plt.colorbar( ) color limit plt.clim( , ) colar map plt.get_camp('') Heatmap 히트맵 그리기 Heatmap 히트맵은 숫자 데이터를 분포를 색상을 이용해서 시각화 한 것이다. 나..