일 | 월 | 화 | 수 | 목 | 금 | 토 |
---|---|---|---|---|---|---|
1 | ||||||
2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 |
9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 |
16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 |
23 | 24 | 25 | 26 | 27 | 28 |
- javascript
- ChIPseq
- CUT&RUN
- drug muggers
- DataFrame
- scRNAseq
- pandas
- matplotlib
- cellranger
- EdgeR
- HTML
- 싱글셀 분석
- MACS2
- drug development
- julia
- ngs
- PYTHON
- single cell
- 비타민 C
- Bioinformatics
- github
- single cell rnaseq
- CSS
- CUTandRUN
- Git
- single cell analysis
- js
- scRNAseq analysis
- python matplotlib
- Batch effect
- Today
- Total
목록분류 전체보기 (216)
바이오 대표
![](http://i1.daumcdn.net/thumb/C150x150.fwebp.q85/?fname=https://blog.kakaocdn.net/dn/btu3Qc/btrtvrWhXQC/1PKiDrTajIz1mwoLEAK2iK/img.png)
df.to_list( ) df.values.tolist( ) # 하나의 Column 값을 List 로 변환하기 다음과 같은 Dataframe 에서 Drug_SMILE Column 의 데이터를 List 로 뽑아내고 싶다 하면, Dataframe.column_name.to_list() 혹은 Dataframe.column_name.values 을 아래와 같이 이용할 수 있다. # 여러개의 Columns 값을 List 로 변환하기 * to_list( ) 와 values.tolist( ) 차이: to_list 는 하나의 Column (Object) 값만 변환 가능하지만 values.tolist( ) 는 여러개의 columns도(values as arrays) 가능하다.
Anemia # 빈혈증 BLA (Biologics License Application) # 바이오신약 허가신청 NME ( New Molecular Entity ) 어떠한 나라에서 어떠한 형태로도 승인이 난 적없는 새로운 active ingredient 를 포함한 약 Prodrugs 신진 (물질) 대사 전사체로 다른 약물을 화학적으로 변화시켜 물리, 화학적 성질을 조절할 수도 있다 TNF - α (tumor necrosis factor - α) # 종양괴사인자 # 종양세포 발육 증식 억제 정의: 대식세포 (macrophage) 가 내독소 (endotoxin) 과 반응하면 생산되는 단백질 역할: 면역 세포 조절 - 체내 발열, 세포 자살 유도, IL-1 과 IL-5 생산을 통해 패혈증 유발, 감염 유발로 종..
![](http://i1.daumcdn.net/thumb/C150x150.fwebp.q85/?fname=https://blog.kakaocdn.net/dn/kE5UU/btrti4tWvbm/Y7C7DEDsKUY5waax6EpRSK/img.png)
교차 검증 (Cross Validation) Machine Learning 모델을 학습시킬때, Train / Test set 으로 나누어 학습 및 성능 확인을 하는데 이때 너무 하나의 Train set 에 초점을 맞춰 과적합 (Overfitting) 을 불러 일으킬 수 있다. 이를 방지하기 위해 교차 검증 (Cross Validation) 을 사용할 수 있다. 이는 Train set 를 바꿔가며 훈련시켜 평균을 내어 과적합을 막을 수 있다. 아래 그림은 가장 기본적인 K-fold Cross validation 방법을 그림으로 묘사하였다. 예시 ) # X & y 를 KFold(n_split = ) 를 이용하여 Train/Test set 로 나눠 보겠다 여기서 Train: [2 3 4 5 6 7] Test:..
![](http://i1.daumcdn.net/thumb/C150x150.fwebp.q85/?fname=https://blog.kakaocdn.net/dn/WPUn6/btrteimqxiG/zW0G43i3beMfIcEfcWf16K/img.png)
numpy 의 reshape 함수는 다음과 같이 사용된다 array.reshape(row, column) np.reshape(array, (row, column)) 1,2 차원에서의 변화 쉽게 1차원 배열을 생성하고 reshape 으로 재배열을 해보았다 첫번째는 array.reshape(row, column) 을 이용했고 , 두번째는 np.reshape(array, (row, column)) 를 이용했다. * reshape 에서 -1 은 정해진 행/열이 있으면 거기에 맞춰지는 열/행을 의미한다. 3 차원에서의 변화 1,2 차원에서의 재배열과 같다. 차원만 다르게 해주면 된다.