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바이오 대표

[ 공간전사체 논문 ] FFPE 이용 가능한 공간전사체 툴 비교/밴치마킹 (10x Xenium vs Vizgen MERSCOPE vs Nanostring(bruke) CosMX) "Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues" 2023.12

⇒ OVERALLCell Segmentation 은 지금 2025/02에는 또 달라졌을 수도 있지만 해당 페이퍼에서는 CosMx가 Segmentation은 잘하지만, Cell type recovery based on gene markers는 Xenium이 확실히 뛰어난다. 만약 샘플이 오래되어서 RNA degradation 이 심하면 Xenium와 같이 fewer landing sites, heavily amplified 되는 프로레스가 가장 적합하다. 샘플 퀄리티가 좋으면 어떤 플랫폼이든 비슷한 결과를 보인다.참고로 최근에 'proseg'라고 segmentation하는 툴 나온게 있는데 확인해볼만 하다.https://github.com/dcjones/proseg Spatial Transcriptomic..
논문 2025. 2. 21. 09:19
[ 논문 brain ] Glutamate/GABA 가 무엇일까? 뇌세포를 활동/억제 상태로 만드는 신경 전달 물질

""The glutamate/GABA-glutamine cycle: aspects of transport, neurotransmitter homeostasis, and ammonia transfer" 요약 읽고 유투브 찾아봤는데 너무 설명쉽게 알려준 영상 있어서 이를 이용합니다. 참고: https://www.youtube.com/watch?v=wP9QD-5FL5U 뉴런/뇌세포는 [1]Excitatory (흥분성) [2]Inhibitory (억제성) 두 역할을 합니다. 흥분성 일 때, 뉴런은 다른 뉴런들을 자극해, 전기 메세지에 반응하고 전달하도록 하는 반면, 억제성 뉴런은 해당 반응을 억제하는 역할을 합니다. 뉴런이 흥분성인지 억제성인지는 세포막을 기준으로 주위의 전압 값에 의해 결정됩니다. 밖보다 뉴런..
논문 2023. 8. 5. 06:39
[ R 시각화 ] R 언어로 그리는 이쁜 히트맵 (Heatmap) - complexHeatmap

데이터를 시각화 하는 것은 의미 있는 해석을 하기 위해 중요한 단계입니다. 해당 글에서는 R 언어을 이용해서 히트맵을 그리는 다양한 패키지 중 (pheatmap, ggplot, complexheatmap) 중 파라미터들를 이용해서 이쁘게 그릴 수 있는 complexheatmap()에 관하여 알아보겠습니다. ComplexHeatmap heatmap을 그릴 때, 필요한 요소는 matrix 입니다. 하지만 좀 더 이쁜 그림을 위해 다음과 같은 요소들을 사용할 수 있습니다. 필수! matrix (ex. gene vs sample counts) 선택 color heat_colors colorRamp2 선택 column annotation colanno HeatmapAnnotation 선택 row annotatio..
R 2023. 8. 4. 07:29
[ 싱글셀 논문 ] Gene Network 모델 (SCENIC vs WGCNA) “Single-cell network biology for resolving cellular heterogeneity in human diseases” (2020)

Single-cell network biology Network 찾는 방법 Bulk RNAseq 에서는 Boolean networks, Bayesian networks, ordinary differential equations (ODEs), information theory, regression, and correlation18,19,20 와 같은 방법이 사용되었습니다. scRNAseq 에서도 위의 방법 사용 가능하지만, 싱글셀로만 얻을 수 있는 정보를 이용하기도 합니다. 예로, trajectory analysis (psueotime 정보) 를 기반으로 하는 방법이 있습니다. 즉, 세포들이 특정 developmental/differentiation 상태에 있다고 가정하고 시간대로 나열한, time-ord..
논문 2023. 7. 22. 03:51
[ Deeptools ] DBS(differential binding sites) 를 Deeptools의 ComputeMatrix와 plotHeatmap을 이용해서 시각화하기

DBA (Differential Binding sites) visualization Chipseq 이나 Cut&Run, Cut&Tag 기술을 이용해서, target antibody가 붙는 sequence 정보를 얻을 수 있고 어느 지역에 더 많이 붙는지 DBA(differential binding sites analysis) 분석을 할 수 있다. 해당 글에서는 DBA(differential binding analysis) 로 확인된 지역을 Deeptools 의 computeMatrix 와 plotHeapmap을 이용하여 시각화 할 것이다. Step 1. bigWigMerge (ucsc-bigwigmerge v377) multiple bigWigs → A single Bedgraph file bigWigM..
Bioinformatics/Tools 2023. 7. 11. 09:21
[ IGV ] IGV 에 custom annotation track 만들고 업로드 하기 (유전자 이름으로 검색)

Custom annotation track IGV에서 annotation track을 통해 원하는 유전자 검색으로 해당 위치를 관찰 할 수 있다. 하지만 내가 가지고 있는 데이터가 custom 이여서 유전자 검색이 되지않아서 custom annotation track을 만들어 보았다. How? 보통 “standard’ gene track 은 ncbi refseq 형식이다. 예로, ncbiRefSeq.sorted.txt and ncbiRefSeq.sql (참고 링크와, 그림1,2 참고). Custom genome을 가지고 있다면 annotation track 을 그림2 와 같은 format으로 만들어 줄수 있다. 이는 [1] gtf파일이 있으면 ucsc의 ‘gtfToGenePred’ 로 만들고 [2] co..
Bioinformatics/Tools 2023. 7. 11. 09:10
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