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바이오 대표

[ Peak Annotation] HOMER 이용하여 Peak annotation 하기 - annotatePeaks.pl/loadGenome.pl

HOMER 을 이용해서 Peak annotation 하는 방법 HOMER v4.11 annotatePeaks.pl > BED 파일 이나 HOMER peak files BED files 는 최소 6개의 칼럼으로 구성되어야 한다고 하지만 column 4 개(chr, start, end, strand) 도 허용한다. Column1: chromosome Column2: starting position Column3: ending position Column4: Unique Peak ID Column5: not used Column6: Strand (+/- or 0/1, where 0="+", 1="-") HOMER peak files (TAB으로 분리되는 txt files 형식) Column1: Unique P..
Bioinformatics/Tools 2023. 5. 16. 08:42
[ SSH ] 내 IP 주소 확인하기 (ifconfig), 서버 연결하기 (ssh), 서버에서 파일 복사하기(scp)

내 IP 주소 확인 방법 $ ifconfig (Linux) $ ipconfig getifaddr en0 (macOS) 서버 연결하기 $ ssh username@remoteHost or ssh username@server_IP_address 예시) ssh ybae@132.26.4.5 서버에서 local 로 데이터 복사 하기 $ scp username@remoteHost:/remote/dir/file.txt /local/dir/ ** 이때 복사를 받을 파일의 acess permission 에 wirte permission 가 있어야 한다. $ls -l 을 하였을때 파일 앞쪽에 drwxr-xr-x이면 실행되지 않을 것이다. 이를 drwxrwxr-x로 바꿔주고 싶으면 $chmod 775 /local/dir/ 를..
Programming enviorment 2023. 4. 7. 07:37
[SEACR 논문] “Peak calling by Sparse Enrichment Analysis for CUT&RUN chromatin profiling”

Background DNA 의 어느 부분에 protein 이 붙어있는지에 따라, 유전자 발현양이나, 세포의 운명? 이 결정된다. 따라서 해당 위치를 알아내기 위해 사용되는 기술로는 ChiP-seq(protein 과 dna 를 link 하고 dna 자른 뒤 antibody로 추출하는) 과 CUT&RUN(Antibody-directed MNase 가 protein binding 위치를 자르는 기술) 이 있다. ChiP-seq 기술이 좀더 오래 사용되었고, 많은 분석 툴들이 해당 기술에 초점이 맞춰져있어서 이를 CUT&RUN 데이터에 적용시키기 어려운면이 있다. Chip-seq 데이터는 background noise 가 큰 반면, CUT&RUN low read length, low and sparseness ..
Bioinformatics/Tools 2023. 4. 6. 15:30
[ 싱글셀 분석 ] 10x Cell ranger 정복하기 1

Cell Ranger 이란? (v7.1) Illumina 의 Chromium single cell data 를 align 하고 feature-barcode matrics를 만들고, clustering secondary analysis 등을 하기 위한 분석 파이프라인 set 입니다. Cell ranger을 이용해서 데이터를 핸들링 할때 크게 다음 5개의 파이프라인 사용이 가능합니다. cellranger mkfastq Demultiplexing BCL(raw base call) files → FASTQ files bcl2fastq cellranger count Illumina single cell FASTQ가 주어진다면 가장 흔하게 사용되는 파이프라인입니다. Alignment, filtering, barco..
Bioinformatics/Tools 2023. 3. 27. 13:28
[R function 익히기 1] grepl(패턴, x) : 문자열 패턴 매칭 함수

오늘 부터 흔하게 사용되는 R functions들 중의 유의미 한 아이들을 하나씩 설명해보고자 한다. 오늘은 grepl ( pattern , x ) 이다. grepl ( pattern , x ) 이란? grepl()은 주어진 문자열에서 특정 패턴이 존재하는지 여부를 TRUE/FALSE 값으로 반환한다. 특정 패턴이 포함되어 있는 문자열을 빠르고 쉽게 검색하기 위해 사용된다. 예시 text
R 2023. 3. 18. 05:23
[ Cut & Tag / Cut & Run ] Cut & Tag 투토리얼

해당 글을 https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#Cite_this_tutorial 을 참고하였습니다. CUT & TAG Data Processing and Analysis Tutorial 1. Introduction Eukaryotic nucleus DNA에서 일어나는 모든 dynamic process 는 chromatin landscape/지형 을 따른다고 보면된다. Chromatin landscape 는 nucleosomes, their modification, TF and chromatin-associated complexed 등으로 이루어져있다. 이렇게 다는 chromatin features 을 이용하면 다른 cell type간, development..
Bioinformatics/Tools 2023. 3. 18. 05:05
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