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바이오 대표

[싱글셀 논문] Background/Ambient RNA 제거 툴 비교 (SoupX, DecontX, Cellbender) “The effect of background noise and its removal on the analysis of single-cell expression data” 2023

요약 2개의 다른 subspecies mice (M.m.castaneus 와 M.m.domesticus) 를 이용하여서 background noise 실험을 진행하였다. 사용된 Mice들은 imbred(근친계) 임으로 99% 유전자가 동일하고 homozygous SNP을 이용해서 ~7000 유전자의 subspecies를 구별해 낼 수 있다. 즉, SNP을 이용하여 cell 의 endogenous, exogenous UMI 가 구별이 되고 이를 이용해서 background noise를 계산할 수 있다는 뜻이다. 논문 실험에서는 총 5개의 replicate (3 scRNAseq, 2 snRNAseq)에서 background noise를 계산하였고, 꽤 variability 가 큰 noise 값을 보였다 (3..
논문 2023. 7. 10. 07:19
[ FRiP 스코어 ] BEDTools, Samtools 이용해서 FRiP 스코어 구하기

DiffBind 를 사용하여 분석하다가, FRiP 스코어가 너무 낮아서 다른 방법을 찾아보았다. Diffbind 에서 계산해주는 FRiP는 consesnsus peak set에 dependent하기 때문에 더 낮은 score을 얻을 수 있다고 한다. FRiP FRiP score 이란 Fraction of Reads in Peaks이다. 말 그대로, 특정 called peaks (region) 에 들어가는 reads의 비율이라고 해석 할 수있다. 이는 usable reads in significantly enriched peaks/total number of mapped reads와 같이 계산된다. 실제 sample의 FRiP 계산해보기 1. 맵핑된 sequencing data (BAM/SAM) 과 cal..
Bioinformatics/Tools 2023. 6. 27. 00:31
[py.click] click pakage로 python package 만들기

Python package “Click: command line interface creation kit“ Click 패키지는 command line interfaces를 이쁘게 작성할 수 있게 도와주는 툴이다. 또한 CLI API 에서 생기는 문제들을 예방하고 보다 빠르고 재미있게 코드를 짤수있도록 도와주고 크게 3가지 장점이 있다. arbitrary nesting of commands help page 를 자동생성 supports lazy loading of subcommands at runtime # test.py 코드 import click @click.command() @click.option('--count', default=1, help='Number of greetings.') # help..
Python/others 2023. 6. 12. 03:25
[싱글셀 multiome 논문)“Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis” 2023

요약 보통 reference cell type annotation은 scRNAseq의 gene expression 을 기반으로 만들어졌다. 따라서 새로운 데이터의 scRNAseq을 annotate하는 것은 어느정도 쉽지만 다른 modality 갖는 데이터, 즉 gene expression이 아닌 정보를 갖는 데이터 (scATACseq, scCUT&Tag, CyTOF-protein)를 annotate하는데는 어려움이 있다. 따라서 해당 논문에서는 “dictionary learning” 기술을 이용한다. 쉽게 설명하자면 예를 들어, [1] RNA+ATAC정보를 담고있는 10x multiome 을 bridge로 이용하는 것이다. 현존하는 [2] RNA annotated reference 를 [1]scRNA+s..
논문 2023. 6. 11. 11:08
[독서기록 #10] "잠든 사이 월급 버는 미국 배당주 투자안정된 수익 내는 배당투자의 나침반" - 소수몽키, 베스풍류객, 윤재홍

2019년 출간 "잠든 사이 월급 버는 미국 배당주" 카테고리: 경제/경영 > 재테크일반 “내가 열심히 일해서 돈을 버는 속도보다 돈이 돈을 버는 속도가 더 빠르다. 그렇기 때문에 가급적이면 일찍 돈을 불리는 시스템을 만드는 게임에 참여해야한다. 그리하여 ‘근로소득 + 자본소득’ 구조를 만들어야 하며 자본소득의 비중을 점차 늘려나가야 한다. 그리고 궁극적으로는 자본소득만으로도 충분히 생활할 수 있는 구조를 구축해야한다. “ 모두가 이렇게 일러주는데 빠르게 뛰어드는게 답이고 시작이 반이라는 말을 나는 아직도 믿는다. 배당주 고르는 기준 (여러 관련 책을 읽은 후 모두가 공통정으로 이야기하는 기준을 통합하여 나만의 기준을 정하였다.) 배당 성장률 유지 - 배당금을 줄인 적이 있다면 과감히 목록에서 제외 배당..
My books 2023. 6. 9. 02:21
[Screen] Screen session 이용하기

screen 서버를 사용해서 코드를 돌릴때, 내가 연결해논 서버연결이 시간이 오버했거나 창을 실수로 껏다가 서버에서 끊기는 경우가 생긴다. Cashed 가 되있어서 멈춘곳에서부터 코드를 실행하면 정말 좋지만 그렇지 못한 경우에는 처음부터 다시 돌려야 한다. 이를 방지하기 위해서 “screen”을 활용 할 수 있다. 생성: screen -S 확인: screen -ls 다시 불러오기: screen -r 종료: screen -XS kill Linux GNU Screen 요새는 보통 linux를 깔면 pre-installed되어있다. 다음 코드를 이용해서 확인해볼 수 있다. $ screen --version ##Screen version 4.01.00devel (GNU) 22-May-06 만약에 깔려있지 않을 ..
Programming enviorment 2023. 6. 1. 11:06
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