바이오 대표

해당 글은 지마님의 블로그의 Batch effect https://ruins880.tistory.com/88 를 참고하였습니다. 좀 더 자세한 사항은 지마님의 블로그를 참고바랍니다. Normalization vs Batch effect correction in scRNAseq Normalization: 라이브러리 제작, dropout, 유전자 길이, GC 비율 등에 따른 증푹 치우침 (amplification bias) - raw count matrix 이용 Batch Effect correction: 실험 설계 및 실험 과정 (시퀀싱 기계, 실험 시각, 시약, 실험실) 에서 오는 변이 통제 - 차원이 축소된 데이터 이용 (계산 시간 줄이기 위하여) ⇒ batch effect 가 제거된 결과는 차원이 축..

nextflow 를 이용하여 RNA-seq을 진행하기 위하여 사용하였다. Trim Galore Function: FastQ 파일은 일정하게 QC 하고 trimming 하기 위한 툴. warrper tool of Cutadapt and FastQC + some functions for RRBS type library *Cutadapt: adapter seq, primers, poly-A-tail 등 제거 *FastQC: High throughput sequencing data QC Step 1: Quality Trimming low-quality reads trimmed off using phred quality score Step 2: Adapter Trimming Default: 13pb of Illu..

Cellranger-atac aggr [1] cellranger-atac count [2] cellranger-atac aggr 각각의 GEM well(multiplex data)의 FASTQ 데이터에 cellranger-atac count 를 이용해서 count 를 하고, cellranger-atac aggr를 이용해서 a single peak-barcode matrix 로 합쳐준다. 이때, cellranger에게 aggregation csv 를 이용해 데이터를 주어야 한다. 어떠한 GEM well에 온것인지는 barcode-1, barcode-2 등으로 GEM well suffix(숫자)로 구별할 수 있고 해당 숫자는 Aggregation csv 와 일치한다. Aggregation csv 예시) 1 ..

Introduction to single-cell RNA-seq Human tissue 에는 엄청나게 다양한 cell types, states, interactions들이 있다. 해당 tissues와 celltypes을 좀 더 자세히 이해하기 위해 single cell RNAseq를 이용할 수 있고 이를 이용해 individual cells에서의 gene express를 확인 할 수있다. 사용예시 하나의 tissue 에 존재하는 cell types 알아낼 수있다. 알려지지 않거나 드문 cell types / states를 알아낼 수 있다. Differentiation process 나 시간/state 의 흐름에 따른 gene expression 변화를 알 수 있다. condition 에 따른 특정 cel..