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[MACS2] Peak calling with MACS2

MACS2(Model-based Analysis of ChiP-seq) for ChIP-seq or ATAC-seq Peak Calling = Chip-seq 실험에서 enriched aligned reads, genome area 를 찾는 것이다. Chip-seq에서 나온 alignment files (SAM/BAM) 에서 sense(+) strand와 antisense(-) strand 에서의 read densities 가 다름을 확인할 수 있다. 5' ends를 통해 +/- strand를 구분할 수 있다. 통계학을 이용해 각 그룹들의 distribution을 평가하고, background와 비교하여 해당 enrichment site 가 정말 binding site 인지 확인할 수 있다. peak c..
Bioinformatics 2022. 10. 3. 14:56
[ Bioinformatics ] VCF (variant call format) 파일

VCF(variant call format) = 유전자 서열 변이 정보 저장 텍스트 파일 # 예시 ##fileformat=VCFv4.0 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=1000GenomesPilot-NCBI36 ##phasing=partial ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##FILTER= ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA00001 NA00002 NA00003 20 14370 rs6054257 G A 29 PASS NS=3;D..
Bioinformatics 2022. 3. 28. 05:24
[ samtools ] fastq --> bam (unaligned)

samtools 는 sequencing data를 다룰 때 흔히 사용되는 software package 이다. 보통 SAM (sequence alignment/map), BAM, CRAM 파일에서 alignments를 다루기 위해 사용된다. 흔히 사용되는 기능은 다음과 같다. converting format (파일 형태를 SAM, BAM, CRAM 등으로) sorting (순서정렬) merging (합치기) indexing (인덱싱) retrieve reads (검색) Samtools Install Homebrew 를 이용해서 쉽게 install 할 수 있다. $ brew install samtools !! 만약 당신이 맥북 M1 chip user 이라면 문제가 좀 복잡해진다. 2022.01.22 - [..
Bioinformatics 2022. 1. 22. 17:37
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