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바이오 대표
[ RNA-seq DE Analysis ] EdgeR/limma (COVID-19 vs Health)
EdgeR 은 RNA counts data로부터 DE (Differential Expression) Analysis 를 진행한다. EdgeR 이 제공하는Functions: DGEList - 데이터를 효율적으로 사용할 수 있도록, List-based data 태로 변환 ([1] counts [2] samples) filterByExpr cacNormFactors estimateDisp ### Covid- 19 Patients vs Healthy Control DE Analysis ### 해당 글에서 다룰 DE (differntial Expression) Analysis 는 4가지의 실험중 RNA-Seq data 를 R bioconductor edgeR 을 이용한 실험이다. 17 명의 Covid-19 pa..
[ M1 chip ] R Bioconductor (R Studio) 맥북 Mac
당신이 M1 chip (ARM silicon) 의 소유자라면 추후 몇년간은 Rosetta2 emulator 사용이 가장 편할 것이다. Bioconductor는 아직 Apple M1 chip을 기본적으로 지원하지 못한다. (edgeR이 install 되지 않아 찾은 해결방안) 하지만 Rosetta 를 통해서라면 가능하다. Rosetta는 macOS Big Sur의 emulator로 Mac M1 시스템에서 intel x86_64 앱들을 실행 가능하게 해준다. ## 나는 R-4.1.1.pkg 와 RStudio-2021.09.2-382.dmg을 사용하였다. [1] Rosetta2 Emulator Install $ /usr/sbin/softwareupdate --install-rosetta --agree-to-l..
[ 논문 ] "Digital Signal Processing" - On the design of maximally incoherent sensing matrics for compressed sensing using orthogonal bases, and its extension for biorthogonal bases case
Abstract Compressed Sensing (CS)는 Nyquist criterion 에 규정되어 있는 것보다 적은 measurements 를 이용하지만 낮은 error 로 sparse signals 를 reconstruct (복구) 할 수있다. 이는 signal 이 sparse 하다는 가정을 기초로 한다. sparsity를 기반으로 L1-norm miniminzation을 이용해서 random measurements를 signal로 reconstruct하는 sensing matrix의 projections 평균에 의해 random measurements 를 이용한다. 해당 논문은 주어진 sparsifygin orthogonal을 기본으로 최소한의 일관성을 갖는 sensing matrics를 디자..
[ MHC genotyping Tools Benchmarking ] Benchmarking of NGS-based MHC-II genotyping algorithms
해당 프로젝트는 MHC-II 를 genotyping 하는 11개의 Tools/algorithms 을 benchmarking 하는 것이다. 그 과정에서 Version difference, input data type, annoation method 등과 같은 많은 문제들을 debugging하였다. 또한 중복 노동을 줄이기 위하여 bash를 이용한 autopipelines을 만들었다. Benchmarking에서만 끝낸것이 아니라 모든 결과들을 통합해 metaclassicier 을 이용해 2% accuracy improvement를 해냈다. (해당 프로젝트는 1000G, TCGA 에서의 WES, WGS, RNA-seq 데이터를 R, python, linux, bash 를 이용하여 진행하였다. ) Abstrac..