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여러 -omic 데이터를 통합하여 (more data, potential to more power) 우리는 complex biological big data 를 분석할 수 있다. ( Genomics, Transcriptomics, Proteomics, Epigenomics ) * Epigenome: DNA나 히스톤단백질에 직접 결합하여 유전자의 발현을 직접 조절하는 화학물질과 단백질의 집합체 Abstract To understand the human responses to the virus (COVID-19), especially in the Immune response. 따라서, 해당 페이퍼의 목표는 COVID-19로인한 면역 반응에서 큰 역할을 하는 immune genes를 발견하는 것이다. 사용한 ..

MRI 하는데 돈과 시간이 많이 든다 --> 적게 measure 하면 가격, 환자의 스트레스 및 시간을 감소 시킬 수 있다. 해당 논문에서는 MRI 의 속도를 높이기 위한 실험에 필요한 public data를 제공한다. Data: [1] raw MR measurements [2] clinical MR images 해당 방법은 less measurement data를 진단 가능할 정도로 이미지를 복원시키는 방법이다. 원래보다 적은 데이터를 뽑아내기때문에 scan time 을 크게 단축 시킬 수 있다. MR imaging 은 Frequency 와 phase를 측정하여 indirectly ..

MR Image 복원을 위한 ML 연구가 활발해지고 있다. 보통 ML 모델의 성능을 확인할 때 large dataset 을 이용해서 benchmarking 을 한다. 하지만 MRI 의 k-space raw data는 publicly 양이 부족하기 때문에 연구가 더뎌지고 있고 해당 논문/기관은 이를 제공함으로써 연구에 힘을 보탠다. https://fastmri.med.nyu.edu/ 홈페이지에서 data sharing agreement 후 데이터를 사용할 수 있다. 연구 목적 : MRI 검사 속도 높이기 (2D sequences 빠르게 얻기) 방법 : 얻어지는 k-space lines 갯수 줄이기 * quality 유지 및 higher temporal resolution 주기 해상도 ..

데이터들을 다룰때 computational 이유로 인해 크기를 축소 후 사용하는 경우가 흔하다. Natural Signals 들이 대체로 compressiable하다. 대표적으로 이미지 데이터/오디오 (signal) 데이터가 있다. 이때 compression은 sparsity 에 의해 결정되고 Fourier 혹은 Wavelet 기반(변환)으로 축소가 가능하다. *Fourier Transform을 이용해서 Compression 예시 : JPEG, MP3 축소 된 데이터들은 sparsed vector (s) 로 간단히 표현될수 있고 이미 축소 된 데이터들을 inverse transform을 이용하여 원상복구 (가깝게) 복구 시킬 수 있다 [1]. < Compressed ..