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samtools 는 sequencing data를 다룰 때 흔히 사용되는 software package 이다. 보통 SAM (sequence alignment/map), BAM, CRAM 파일에서 alignments를 다루기 위해 사용된다. 흔히 사용되는 기능은 다음과 같다. converting format (파일 형태를 SAM, BAM, CRAM 등으로) sorting (순서정렬) merging (합치기) indexing (인덱싱) retrieve reads (검색) Samtools Install Homebrew 를 이용해서 쉽게 install 할 수 있다. $ brew install samtools !! 만약 당신이 맥북 M1 chip user 이라면 문제가 좀 복잡해진다. 2022.01.22 - [..

Intel 을 사용할때는 아무 문제가 없었던 brew가 되지 않는다,,, M1 chip으로 바꾸니 역시 생기는 문제들 (부들) $ brew install wget Error: Cannot install in Homebrew on ARM processor in Intel default prefix (/usr/local) 해결 방안: [1] ARM silicon (M1 chip) 을 위해 Rosetta2 emulator을 설치 해줄 수 있다 [2] prefix 를 /opt/homebrew 로 바꾸어줘도 해결이 된다던데 모르겠다,, 해당 글에서는 Rosetta2 emulator 을 설치함으로써 문제를 해결했다. M1 chip 에서 Homebrew 사용하기 # Rosetta2 emulator install $ ..

" A Unified View of Relational Deep Learning for Drug Pair Scoring " 논문을 읽고 정리한 글이다. 해당 논문에서는 크게 아래와 같은 4가지 내용을 다룬다. drug-drug interaction, polypharmacy side effect, synergistic drug combination prediction tasks Formal Unification 해당 Tasks 를 위한 ML design, architecture overview Available Datasets과 자주 사용되는 evaluation metrics 해당 ML을 이용한 applications 과 미래 활용성에 대한 discussion Abstract 최근 ML 이용해서 알아내고 ..

목표: Disease_uniq 에 "ICD10_L" (from Disease)합치기 # Diesas_name 에 맞은 ICD10_L 만 찾아서 758 row 를 유지하면서 합치기 Merge, concat, join을 이용해도 다 중복적으로 합쳐지고 내가 원하는 모양이 나오지 않는다. 따라서 내가 알아낸 제일 쉬운 방법: 합치고 중복 지우기 [1] A.merge(B) [2] drop_duplicates(subset = [" "]) 따라서 해당 두 테이블을 합치기 위해서는 disease_all = disease_uniq.merge(disease) # how defalt = "inner" disease_all = disease_all.drop_duplicates(subset = ["Disease_index"]..