바이오 대표

해당 프로젝트는 MHC-II 를 genotyping 하는 11개의 Tools/algorithms 을 benchmarking 하는 것이다. 그 과정에서 Version difference, input data type, annoation method 등과 같은 많은 문제들을 debugging하였다. 또한 중복 노동을 줄이기 위하여 bash를 이용한 autopipelines을 만들었다. Benchmarking에서만 끝낸것이 아니라 모든 결과들을 통합해 metaclassicier 을 이용해 2% accuracy improvement를 해냈다. (해당 프로젝트는 1000G, TCGA 에서의 WES, WGS, RNA-seq 데이터를 R, python, linux, bash 를 이용하여 진행하였다. ) Abstrac..

samtools 는 sequencing data를 다룰 때 흔히 사용되는 software package 이다. 보통 SAM (sequence alignment/map), BAM, CRAM 파일에서 alignments를 다루기 위해 사용된다. 흔히 사용되는 기능은 다음과 같다. converting format (파일 형태를 SAM, BAM, CRAM 등으로) sorting (순서정렬) merging (합치기) indexing (인덱싱) retrieve reads (검색) Samtools Install Homebrew 를 이용해서 쉽게 install 할 수 있다. $ brew install samtools !! 만약 당신이 맥북 M1 chip user 이라면 문제가 좀 복잡해진다. 2022.01.22 - [..

Intel 을 사용할때는 아무 문제가 없었던 brew가 되지 않는다,,, M1 chip으로 바꾸니 역시 생기는 문제들 (부들) $ brew install wget Error: Cannot install in Homebrew on ARM processor in Intel default prefix (/usr/local) 해결 방안: [1] ARM silicon (M1 chip) 을 위해 Rosetta2 emulator을 설치 해줄 수 있다 [2] prefix 를 /opt/homebrew 로 바꾸어줘도 해결이 된다던데 모르겠다,, 해당 글에서는 Rosetta2 emulator 을 설치함으로써 문제를 해결했다. M1 chip 에서 Homebrew 사용하기 # Rosetta2 emulator install $ ..

" A Unified View of Relational Deep Learning for Drug Pair Scoring " 논문을 읽고 정리한 글이다. 해당 논문에서는 크게 아래와 같은 4가지 내용을 다룬다. drug-drug interaction, polypharmacy side effect, synergistic drug combination prediction tasks Formal Unification 해당 Tasks 를 위한 ML design, architecture overview Available Datasets과 자주 사용되는 evaluation metrics 해당 ML을 이용한 applications 과 미래 활용성에 대한 discussion Abstract 최근 ML 이용해서 알아내고 ..