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바이오 대표

[R function 익히기 1] grepl(패턴, x) : 문자열 패턴 매칭 함수

오늘 부터 흔하게 사용되는 R functions들 중의 유의미 한 아이들을 하나씩 설명해보고자 한다. 오늘은 grepl ( pattern , x ) 이다. grepl ( pattern , x ) 이란? grepl()은 주어진 문자열에서 특정 패턴이 존재하는지 여부를 TRUE/FALSE 값으로 반환한다. 특정 패턴이 포함되어 있는 문자열을 빠르고 쉽게 검색하기 위해 사용된다. 예시 text
R 2023. 3. 18. 05:23
[ Cut & Tag / Cut & Run ] Cut & Tag 투토리얼

해당 글을 https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/#Cite_this_tutorial 을 참고하였습니다. CUT & TAG Data Processing and Analysis Tutorial 1. Introduction Eukaryotic nucleus DNA에서 일어나는 모든 dynamic process 는 chromatin landscape/지형 을 따른다고 보면된다. Chromatin landscape 는 nucleosomes, their modification, TF and chromatin-associated complexed 등으로 이루어져있다. 이렇게 다는 chromatin features 을 이용하면 다른 cell type간, development..
Bioinformatics/Tools 2023. 3. 18. 05:05
[scRNAseq 논문] 싱글셀 Seurat v4 (“Integrated analysis of multimodal single-cell data” 2021

Introduction Mutimodals 을 이용한 싱글셀 분석. 해당 논문에서는 “weighted-nearest neighbor(WNN)” 을 이용하여 integrate multiple data types (joint definition of cellular states)를 구한다. WNN 은 각 cell-specific modality weights를 구하는 unsupervised learning 이다. Results 대부분 CITE-seq을 기준으로 진행하였다. CITE-seq을 이용하면 scRNAseq 데이터와 세포 표면에 붙어있는 protein들의 정보를 알 수 있다. 여러 modality를 이용했을때, 각 세포를 더 잘 reflect 할 수 있는 modality 에 더 큰 weight 부여해..
논문 2023. 3. 13. 07:15
[scRNAseq 논문] 싱글셀 데이터 핸들링 (10x genomics pipeline - cellranger) “Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells” 2016

Abstract 10x Genomics (droplet-based system) 3’ mRNA counting of tens of thousands of single-cell per sample 8 samples at a time 50% cell capture efficiency ~ 250k single cells across 29 samples 로 [1] sensitivity, [2] ability to detect rare population를 파악하고, 68k PBMC cells을 이용하여 [3] ability to characterize large (immune) population 를 실험하였다. 또한 골수 이식환자 데이터의 sequence variation을 이용하여 [4] host/donor..
논문 2023. 3. 5. 16:06
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