바이오 대표

“Measure transcript integrity using RNA-seq data” Feb.2016 Abstract RNAs 데이터는 보통 archived (저장되어있던) clinical tissue 에서 추출하는데 꽤 degraded 한모습을 보인다. RNA degradation은 RNA-seq read coverage를 왜곡하기도 하고, whole-genome gene expression profiling 에 심각한 영향을 끼치기도 한다. Result TIN (transcript integrity number) 을 이용해서 RNA degradtion 을 measure 할 수 있다. Calibrating gene expression counts with TIN scores 를 통해서 by fals..

Introduction to single-cell RNA-seq Human tissue 에는 엄청나게 다양한 cell types, states, interactions들이 있다. 해당 tissues와 celltypes을 좀 더 자세히 이해하기 위해 single cell RNAseq를 이용할 수 있고 이를 이용해 individual cells에서의 gene express를 확인 할 수있다. 사용예시 하나의 tissue 에 존재하는 cell types 알아낼 수있다. 알려지지 않거나 드문 cell types / states를 알아낼 수 있다. Differentiation process 나 시간/state 의 흐름에 따른 gene expression 변화를 알 수 있다. condition 에 따른 특정 cel..

요약: filter( ) arrange( ) - order 바꿔줌 select( ) - pick variables (columns) by names mutate( ) - create new variables, existing variables 이용 summarize( ) ** group_by( ) 로 중복 사용 가능 예시 데이터 library(nycflights13) library(tidyverse) flights #> # A tibble: 336,776 x 19 #> year month day dep_time sched_dep_time dep_delay arr_time sched_arr_time #> #> 1 2013 1 1 517 515 2 830 819 #> 2 2013 1 1 533 529 4 8..

Cicero Cicero single-cell chromatin accessibility data 를 이용 → co-accessibility examine → cis-regulatory network를 구성하고 분석하기 위한 툴이다. 나는 scATACseq을 분석하기 위해 해당 툴을 이용했다. How? chromatin accessibility data → physically proximity 한 regions of genome 구하기→ 추정되는 enhancer-promoter pair 찾기 → cis-regulatory network 구성 Step 0. Create an input CDS Cicero는 CDS (cell_data_set) class object 를 이용한다. 10x scATACseq 데..