바이오 대표

Introduction to single-cell RNA-seq Human tissue 에는 엄청나게 다양한 cell types, states, interactions들이 있다. 해당 tissues와 celltypes을 좀 더 자세히 이해하기 위해 single cell RNAseq를 이용할 수 있고 이를 이용해 individual cells에서의 gene express를 확인 할 수있다. 사용예시 하나의 tissue 에 존재하는 cell types 알아낼 수있다. 알려지지 않거나 드문 cell types / states를 알아낼 수 있다. Differentiation process 나 시간/state 의 흐름에 따른 gene expression 변화를 알 수 있다. condition 에 따른 특정 cel..

요약: filter( ) arrange( ) - order 바꿔줌 select( ) - pick variables (columns) by names mutate( ) - create new variables, existing variables 이용 summarize( ) ** group_by( ) 로 중복 사용 가능 예시 데이터 library(nycflights13) library(tidyverse) flights #> # A tibble: 336,776 x 19 #> year month day dep_time sched_dep_time dep_delay arr_time sched_arr_time #> #> 1 2013 1 1 517 515 2 830 819 #> 2 2013 1 1 533 529 4 8..

Cicero Cicero single-cell chromatin accessibility data 를 이용 → co-accessibility examine → cis-regulatory network를 구성하고 분석하기 위한 툴이다. 나는 scATACseq을 분석하기 위해 해당 툴을 이용했다. How? chromatin accessibility data → physically proximity 한 regions of genome 구하기→ 추정되는 enhancer-promoter pair 찾기 → cis-regulatory network 구성 Step 0. Create an input CDS Cicero는 CDS (cell_data_set) class object 를 이용한다. 10x scATACseq 데..

Cell Ranger OUTPUT FILES Cell ranger 의 output 은 outs/ 폴더에 저장이 된다. 해당 폴더에는 sequencing data, the annotated read sequences, gene expression matrices 등이 존재한다. 각 파일에 대한 더 자세한 정보 Matrices Web Summary .html Secondary Analysis CSV BAM Molecule Info (h5) Loupe File (.cloupe) Summary.html WEL SUMMARY .html cell ranger 가 제공해주는 summary 와 analysis 를 html 형식으로 확인할 수 있다. 다음 figure에서 볼 수 있듯이, 크게 summary 와 gene ..