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[NGS scRNAseq] Chromium 10x Illumina의 기본이해(workflow)와 Cell ranger count

해당 포스트는 Illumina (10x) 기술을 이용한 single cell RNAseq 에 초점이 맞춰져 있습니다. Chromium 10x single cell - Barcodes and UMI Paired-end sequencing output 은 주로 5’ → 3’ 방향으로 읽힌 두개의 fastq files 이다. 첫번째 Read 1 (R1) 은 항상 primer 의 Cell barcode + UMI (unique molecular identifiers) 부분을 포함하고 Read 2 (R2)는 reverse sequence를 읽는다(figure 1.3을 참고). Sequencing 으로 얻어낸 reads (containing cell barcode, UMI and cDNA) 를 이용하여, trans..
Bioinformatics/Tools 2022. 12. 18. 16:53
[Bioinformatics] NGS 파일 포맷 - fastq, sam, bam, bed, bigwig,,,

NGS 데이터는 sequencer 에 의해서 생성되는 sequencing 파일 (fastq)를 시작으로 모든 분석이 이루어지면서 특정 성격을 띈다. NGS 세계에서 이용되는 많은 데이터 포맷 중, 가장 기본이 되는 파일들의 형식들을 중점으로 정리해보았다. * sequencers 예시: Illumina HiSeq 2500, Illumina NextSeq 500i, Illumina MiSeq,,, FASTQ : sequencing data with scores SAM : fastq파일을 aligning (mapping) 한 output 파일 (사람이 읽을 수 있는 버전) BAM : SAM 을 binary 한 파일로 사람이 읽을 수는 없지만, 용량을 줄일 수 있다. VCF : (Variant Calling F..
Bioinformatics/NGS 기본지식 2022. 12. 4. 10:00
[MACS2] Peak calling with MACS2

MACS2(Model-based Analysis of ChiP-seq) for ChIP-seq or ATAC-seq Peak Calling = Chip-seq 실험에서 enriched aligned reads, genome area 를 찾는 것이다. Chip-seq에서 나온 alignment files (SAM/BAM) 에서 sense(+) strand와 antisense(-) strand 에서의 read densities 가 다름을 확인할 수 있다. 5' ends를 통해 +/- strand를 구분할 수 있다. 통계학을 이용해 각 그룹들의 distribution을 평가하고, background와 비교하여 해당 enrichment site 가 정말 binding site 인지 확인할 수 있다. peak c..
Bioinformatics 2022. 10. 3. 14:56
[Bioinformatics 논문] Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data

"Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data" May, 2014 Abstract genetics, genomics 연구들로부터 얻은 방대한 NGS 데이터를 이용한 분석은 정확한 SNPs calling 과 genotypes에 크게 의존한다. 최근에 개발된 통계방법은 불확실한 genotype calling을 수치화하고 향상시켰다. 그리고 이는 계속 늘어나고있는 low-to medium coverage 데이터를 이용한 연구에 특히 도움이 될 것이다. 논문은 이 방법들을 리뷰하고, NGS 스터디에서의 사용법을 제공한다. NGS 방법은 낮은 가격에 믿을만한 large scale DNA sequencing 을 제공한다. 해당 sequencing 을..
논문 2022. 10. 2. 16:25
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