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[Bioinformatics 논문] Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data

"Genotype and SNP calling from next-generation sequencing data" May, 2014 Abstract genetics, genomics 연구들로부터 얻은 방대한 NGS 데이터를 이용한 분석은 정확한 SNPs calling 과 genotypes에 크게 의존한다. 최근에 개발된 통계방법은 불확실한 genotype calling을 수치화하고 향상시켰다. 그리고 이는 계속 늘어나고있는 low-to medium coverage 데이터를 이용한 연구에 특히 도움이 될 것이다. 논문은 이 방법들을 리뷰하고, NGS 스터디에서의 사용법을 제공한다. NGS 방법은 낮은 가격에 믿을만한 large scale DNA sequencing 을 제공한다. 해당 sequencing 을..
논문 2022. 10. 2. 16:25
[ Bioinformatics 논문 ] "RNA-Seq Analysis Illuminates the Early Stages of PlasmodiumLiver Infection"

"RNA-Seq Analysis Illuminates the Early Stages of Plasmodium Liver Infection" RNAseq 분석으로 plasmodium Liver infection의 early stages 를 밝히다. Abstract apicomplexan parasites Plasmodium(말라리아 원충) 종은 글로벌 질병인 말라리아의 매개체이다. Plasmodium 말라리아 종은 인간 host에서 transforming, 적혈구에서의 replicating 을 통해 Infection을 시작한다. 이때, liver stage (LS) 는 다른 Plasmodium stages과 다르게 알려진게 별로 없기에, 질병 예방을 위한 targetting 에 문제가 있었다. 해당 논문에..
논문 2022. 9. 29. 14:23
[ Bioinformatics 논문 ] "An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites"

"An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites" Skene and Henikoff Jan, 2017 Abstract Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease (CUT & RUN) Cut & Run 역할: quantitative high-resolution chromatin mapping probing(자세히 조사) of the local chromatin environment 장점: Simple, robust, need ~1/10th the sequencing depth as ChIP (low background data) 따라서 in situ..
논문 2022. 9. 27. 06:55
[ 신약개발 논문 ] 모델기반 신약개발과 의사 결정 "Model-Informed Drug Development Approaches and Regulatory Decision Making"

" Review: Role of Model-Informed Drug Development Approaches in the Lifecycle of Drug Development and Regulatory Decision-Making " Abstract 모델기반 신약 개발 (MIDD: Model-informed drug development) 은 신약개발과 regulatory review (승인 검토?) 에 강한 방법이다. 미국 FDA 에서 MIDD의 많은 적용사례를 확인할 수 있다. MIDD 적용은 신약, 일반적 그리고 생멱적 상품들을 개발하는 라이프 사이클을 포괄한다. 신약개발 과정에서 MIDD은 종종 투여량 선택, 최적화, 효과증명이나 정책개발 같이 중요한 규제 검토 질문들을 평가하는 신약 개발 디자인..
논문 2022. 8. 12. 18:44
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