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목록논문 (29)
바이오 대표
"RNA-Seq Analysis Illuminates the Early Stages of Plasmodium Liver Infection" RNAseq 분석으로 plasmodium Liver infection의 early stages 를 밝히다. Abstract apicomplexan parasites Plasmodium(말라리아 원충) 종은 글로벌 질병인 말라리아의 매개체이다. Plasmodium 말라리아 종은 인간 host에서 transforming, 적혈구에서의 replicating 을 통해 Infection을 시작한다. 이때, liver stage (LS) 는 다른 Plasmodium stages과 다르게 알려진게 별로 없기에, 질병 예방을 위한 targetting 에 문제가 있었다. 해당 논문에..
"An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites" Skene and Henikoff Jan, 2017 Abstract Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease (CUT & RUN) Cut & Run 역할: quantitative high-resolution chromatin mapping probing(자세히 조사) of the local chromatin environment 장점: Simple, robust, need ~1/10th the sequencing depth as ChIP (low background data) 따라서 in situ..
" Review: Role of Model-Informed Drug Development Approaches in the Lifecycle of Drug Development and Regulatory Decision-Making " Abstract 모델기반 신약 개발 (MIDD: Model-informed drug development) 은 신약개발과 regulatory review (승인 검토?) 에 강한 방법이다. 미국 FDA 에서 MIDD의 많은 적용사례를 확인할 수 있다. MIDD 적용은 신약, 일반적 그리고 생멱적 상품들을 개발하는 라이프 사이클을 포괄한다. 신약개발 과정에서 MIDD은 종종 투여량 선택, 최적화, 효과증명이나 정책개발 같이 중요한 규제 검토 질문들을 평가하는 신약 개발 디자인..
"pre-trained Bidirectional Encoder Representations from Transformers model for DNA-language in genome" Feb 2021 Abstract (해당 논문은 가짜연구소에서 알게된 지인의 관심사로 인해 읽어보았다. sequencing 이후에 서열 해석을 위해 NLP를 사용하는 것이다.) Motivation: non-coding DNA 를 해독하는 것은 유전체 연구에서 주 문제중 하나이다. Gene regulatory code (유전자 조절 코드)는 gene 의 여러 방면으로 해석이 가능하고 (polysemy), 멀리 떨어진 유전자와도 연관성이 있어 (distant semantic relation ship) 같이 아주 복잡하다. 이런한..