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바이오 대표

[scRNAseq 논문] 싱글셀 데이터 분석 bioinformatician 관점 “Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial” 2019

해당 글은 "Current best practices in single-cell RNA-seqanalysis: a tutorial" https://www.embopress.org/doi/epdf/10.15252/msb.20188746" 를 요약 정리한 글입니다. 전체 흐름 scRNAseq analysis tools increase → lack of standardization (+ dependency of language) The paper introduces the typical scRNAseq analysis steps as current best-practice recommendations. 처음 분석을 하시는 분들께 어느정도 가이드라인이 되는 페이퍼라고 생각한다. count matrix pre-p..
논문 2023. 2. 23. 12:12
[scRNAseq 논문] 싱글셀 RNA 시퀀싱 데이터 분석 흐름 “Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial”

“Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial” 논문 요약 요약 scRNAseq analysis tools increase → lack of standardization (+ dependency of language) The paper introduces the typical scRNAseq analysis steps as current best-practice recommendations. count matrix pre-processing QC, normalization, data correction, feature selection, dimensionality reduction cell - and gene-level downs..
논문 2023. 2. 20. 08:58
[scRNAseq 논문] 싱글셀 분석 전체 흐름 "A practical guide to scRNAseq for biomedical research and clinical applications"

"A practical guide to scRNAseq for biomedical research and clinical applications" Abstract Biological sample 의 RNAseq을 이용해서 우리는 mRNA을 발견하고 정략분석을 진행 할 수 있고 이를 이용하여, cellular response를 연구 할 수 있다. 2009년, 첫 scRNAseq 연구가 진행된뒤로, 해당 필드의 많은 발전이 있었다. 해당 논문에서는 scRNAseq 연구를 디자인하기 위한 기본 정보들을 소개한다: hardware, protocol choice, QC, data analysis, biological interpretation. *cellular response: Any process that r..
논문 2023. 2. 11. 10:36
[Bioinformatics 논문] TIN score 이용하여 RNA degradation 계산 “Measure transcript integrity using RNA-seq data”

“Measure transcript integrity using RNA-seq data” Feb.2016 Abstract RNAs 데이터는 보통 archived (저장되어있던) clinical tissue 에서 추출하는데 꽤 degraded 한모습을 보인다. RNA degradation은 RNA-seq read coverage를 왜곡하기도 하고, whole-genome gene expression profiling 에 심각한 영향을 끼치기도 한다. Result TIN (transcript integrity number) 을 이용해서 RNA degradtion 을 measure 할 수 있다. Calibrating gene expression counts with TIN scores 를 통해서 by fals..
논문 2023. 2. 3. 04:59
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